| 鸭肝炎病毒基因的生物信息学分析及多聚蛋白的加工预测 |
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| 引用本文： | 聂奎,胡燕宾,曾兴艳,周作勇.鸭肝炎病毒基因的生物信息学分析及多聚蛋白的加工预测[J].中国预防兽医学报,2009,31(6). |
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| 作者姓名： | 聂奎 胡燕宾 曾兴艳 周作勇 |
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| 作者单位： | 1. 西南大学,动物科技学院,重庆,北碚,400715
2. 西南大学荣昌校区,动物医学系,重庆,荣昌,402460 |
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| 摘 要： | 对NCBI GenBank中登录的鸭肝炎病毒1型(DHV-1)全基因组及VP1基因进行生物信息学分析,27株DHV-1全基因组序列其核苷酸同源性分别为93.3%～99.8%、多聚蛋白氨基酸序列同源性则达97%～99.8%,DHV-1和其他小RNA科病毒的多聚蛋白的氨基酸序列同源性均低于30%,多聚蛋白氨基酸序列进化分析显示DHV-1在小RNA科病毒上形成一个独立的进化分支.因此,应在小RNA病毒科中设立一个DHV-1的新病毒属.分析发现,在DHV-1 VP1区存在多个免疫优势辅助性T淋巴细胞抗原位点及其抗原决定簇.在DHV-1多聚蛋白的第1 757 aa～1 761 aa位,出现3 C蛋白酶(3 Cpro)的共有基序Gly-Ser-Cys-Gly-Gly,同时发现在751 aa/752 aa处存在自我切割基序NPG ↓ P.推测在整个DHV-1多聚蛋白的切割过程中首先进行NPG ↓ P切割,形成P1,P2-P3前体蛋白,进而再由3 Cpro对2个前体蛋白进行二级加工,最终DHV-1多聚蛋白总共被切割成12个成熟产物,形成其结构蛋白与非结构蛋白.
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| 关 键 词： | 鸭肝炎病毒 序列分析 多聚蛋白 |
Bioinformatics analysis and prediction of polyprotein processing of duck hepatitis virus |
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| NIE Kui,HU Yan-bing,ZENG Xing-yan,ZHOU Zuo-yong.Bioinformatics analysis and prediction of polyprotein processing of duck hepatitis virus[J].Chinese Journal of Preventive Veterinary Medicine,2009,31(6). |
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| Authors: | NIE Kui HU Yan-bing ZENG Xing-yan ZHOU Zuo-yong |
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