| 猪伪狂犬病病毒gD基因的生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 徐志文,郭万柱,许雁峰,朱玲,张博.猪伪狂犬病病毒gD基因的生物信息学分析[J].中国兽医学报,2009,29(11). |
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| 作者姓名： | 徐志文 郭万柱 许雁峰 朱玲 张博 |
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| 作者单位： | 四川农业大学,动物生物技术中心,四川,雅安,625014 |
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| 摘 要： | 自测12条PRV不同毒株的gD全序列连同GeneBank中登录的9条gD基因全序列共21条基因序列,使用生物软件对它们的基因序列的同源性、突变区域的定位、遗传进化关系、酶切位点的差异、密码子偏爱性,氨基酸序列的同源性、蛋白质亲水性、抗原表位分析、三级结构预测等生物信息学的内容进行预测和分析.结果表明:PRV-gD基因的开放阅读框的核苷酸长度在1 197～1 215 nt之间,氨基酸长度在399～405个之间,核酸同源性在97.3%～100%之间,氨基酸的同源性在89.8%～98.8%之间,在核酸820～837位有个高变重复区,不同毒株基因均对GC极为偏爱.在遗传进化关系上将我国PRV流行分为四川、华北、东南3个区域.毒株间基因内酶切位点、蛋白质亲水性、抗原表位和蛋白质高级结构预测等内容的分析结果十分相似,说明PRV-gD基因具有很高的保守性.
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| 关 键 词： | 伪狂犬病病毒 gD基因 PCR 序列分析 生物信息学 |
Bioinformatics analysis of pseudorabies virus gD gene |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | pseudorabies virus gD gene PCR sequence analysis bioinformatics |
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