基因型鹅副粘病毒NA-1株全基因组的克隆及特性分析

将本实验室分离保存的NA-1株鹅副粘病毒(GPMV)经SPF鸡胚增殖,收集鸡胚尿囊液进行病毒纯化,提取病毒基因组RNA。参考GenBank已收录的GPMVZJ1株基因组序列,设计了8对特异性引物,RT-PCR法分别特异性的扩增出病毒各基因片段,并将各目的基因片段回收纯化,克隆PGEM-T载体,转化大肠杆菌DH5α,小提质粒选取阳性克隆酶切鉴定并进行序列测定,对测定结果进行拼接得到全长cDNA序列(GenBank登录号:DQ659677)。NA-1株核苷酸比新城疫病毒(NDV)核苷酸多6个碱基,位于1644~1645nt之间,符合NDV核苷酸“六碱基原则”。序列分析结果表明,GPMVNA-1株与各地代表株核苷酸同源性81.2%~91.3%。同时根据各毒株F基因开放阅读框前389个核苷酸序列绘制出系统发育进化树,结果表明GPMNNA-1株与SF02和QY97病毒株同属于基因型,不同于基因IX型NDV的国家标准株F48E9和基因型的LaSota传统弱毒株。