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猫importin基因生物信息分析及其在犬细小病毒感染F81细胞表达的动态变化
引用本文:赵航,宋姗姗,王建科,林鹏.猫importin基因生物信息分析及其在犬细小病毒感染F81细胞表达的动态变化[J].中国畜牧兽医,2020,47(12):3861-3869.
作者姓名:赵航  宋姗姗  王建科  林鹏
作者单位:1. 江苏省农业科学院农产品质量安全与营养研究所, 江苏省食品质量安全重点实验室-省部共建国家重点实验室培育基地, 南京 210014;2. 中国农业科学院特产研究所, 吉林省特种经济动物分子生物学省部共建国家重点实验室, 长春 130112;3. 中国农业科学院特产研究所, 特种经济动物分子生物学国家重点实验室, 长春 130112;4. 渤海大学食品科学与工程学院, 生鲜农产品贮藏加工及安全控制技术国家地方联合工程研究中心, 国家鱼糜及鱼糜制品加工技术研发分中心, 锦州 121013
基金项目:国家自然科学基金(3170131433)
摘    要:试验旨在系统研究猫源不同亚型importin(importin α1、importin α3、importin α4、importin α5、importin α6、importin α7、importin α8和importin β)基因序列和蛋白基本特性,探讨其在犬细小病毒(canine parvovirus,CPV)感染F81细胞表达的动态变化。本研究利用RT-PCR方法扩增F81细胞中improtin基因全长序列,应用生物学软件预测其氨基酸序列及编码蛋白的结构及功能;进一步利用实时荧光定量RT-PCR技术检测importin基因在CPV感染F81细胞后24、48和72 h表达水平。结果显示,不同亚型importin α基因全长约在1 500 bp,而importin β基因全长为2 600 bp;预测importin亚型蛋白序列发现,其等电点均在4.60左右,且发现importin α1、importin α5、importin α6、importin α7和importin β为不稳定蛋白;分析发现这些importin蛋白均无信号肽、无跨膜区、无细胞定位;采用Predictprotein软件预测蛋白二级结构,结果显示importin亚型蛋白序列主要以α-螺旋和无规则卷曲形式存在。实时荧光定量RT-PCR结果显示,CPV感染F81细胞后随着感染时间的延长importin α1(P<0.01)和importin β表达量逐渐降低,而importin α3、importin α4、importin α5、importin α6(P<0.01)、importin α7(P<0.01)和importin α8(P<0.01)表达量逐渐提高,其中importin α8在病毒感染细胞后表达量最高。本研究结果为进一步分析CPV进入细胞核的转运机制及开发治疗药物相关研究奠定基础。

关 键 词:输入蛋白  犬细小病毒(CPV)  序列分析  表达差异  
收稿时间:2020-07-06

Bioinformatics Analysis of Feline importin Gene and Its Dynamic Expression in F81 Cells Infected with Canine Parvovirus
ZHAO Hang,SONG Shanshan,WANG Jianke,LIN Peng.Bioinformatics Analysis of Feline importin Gene and Its Dynamic Expression in F81 Cells Infected with Canine Parvovirus[J].China Animal Husbandry & Veterinary Medicine,2020,47(12):3861-3869.
Authors:ZHAO Hang  SONG Shanshan  WANG Jianke  LIN Peng
Abstract:
Keywords:importin  canine parvovirus (CPV)  sequence analysis  expression difference  
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