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| 蓝狐MITF-M基因序列扩增及生物信息学分析 | |
| 引用本文： | 郭敏,张东林,刘艳军,彭永东,王建涛,付志新,董淑珍,刘铮铸,巩元芳,李祥龙.蓝狐MITF-M基因序列扩增及生物信息学分析[J].中国畜牧兽医,2018,45(1):47-56. |
| 作者姓名： | 郭敏 张东林 刘艳军 彭永东 王建涛 付志新 董淑珍 刘铮铸 巩元芳 李祥龙 |
| 作者单位： | 1. 河北科技师范学院动物科技学院, 秦皇岛 066004; 2. 河北省唐山市畜牧工作站, 唐山 063000 |
| 基金项目： | 河北省自然科学基金项目（C2017407040、C2016407114） |
| 摘 要： | 试验旨在研究蓝狐MITF-M基因核心启动子活性区、转录因子结合位点、基因编码蛋白结构及功能，为探究该基因的表达调控机制提供理论依据。从成年蓝狐背部皮肤组织中采集1 cm×1 cm样品，采用RT-PCR扩增及测序技术首次获得MITF-M基因序列3 880 bp（包括5'侧翼区2 262 bp、CDS区1 260 bp、3'侧翼区358 bp），编码419个氨基酸残基。生物信息学分析结果显示，蓝狐MITF-M基因5'侧翼区存在潜在的启动子区域（-86~-336 bp），且发现TATA框、CAAT框、GC框和CRE等调控元件及CREB、LSF和Sp1等多种转录因子。MITF-M基因编码的蛋白是定位于细胞核和细胞质的不稳定、可溶性亲水蛋白质。亚细胞定位结果提示该蛋白在细胞核、细胞质和线粒体的概率较高，分别为65.2%、17.4%和8.7%。DNAMAN软件对MITF-M基因编码蛋白的二级结构预测发现，该蛋白由α螺旋（33.66%）、β折叠（16.66%）和无规卷曲（49.68%）组成，且不存在跨膜区域和信号肽。蓝狐与其他物种MITF-M基因编码的氨基酸序列同源性对比和系统进化树分析均提示蓝狐与犬的遗传亲缘关系最近，与哺乳动物和禽类均具有较高的同源性（>89.1%），说明MITF-M基因编码区在物种进化过程中较为保守。本研究为深入研究MITF-M基因调控狐狸被毛颜色的分子遗传机制奠定了理论基础。 |
| 关 键 词： | 蓝狐 MITF-M基因 5'侧翼区 编码区 生物信息学分析 |
| 收稿时间： | 2017-06-20 |
Sequence Amplification and Bioinformatics Analysis of MITF-M Gene in Blue Fox (Alopex lagopus) |
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| GUO Min,ZHANG Donglin,LIU Yanjun,PENG Yongdong,WANG Jiantao,FU Zhixin,DONG Shuzhen,LIU Zhengzhu,GONG Yuanfang,LI Xianglong.Sequence Amplification and Bioinformatics Analysis of MITF-M Gene in Blue Fox (Alopex lagopus)[J].China Animal Husbandry & Veterinary Medicine,2018,45(1):47-56. | |
| Authors: | GUO Min ZHANG Donglin LIU Yanjun PENG Yongdong WANG Jiantao FU Zhixin DONG Shuzhen LIU Zhengzhu GONG Yuanfang LI Xianglong |
| Institution: | 1. College of Animal Science and Technology, Hebei Normal University of Science & Technology, Qinhuangdao 066004, China; 2. Hebei Tangshan Animal Husbandry Station, Tangshan 063000, China |
| Abstract: | |
| Keywords: | Blue fox MITF-M gene 5'flanking region coding region bioinformatics analysis |
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