1株Ⅶ型新城疫病毒融合蛋白基因的克隆与生物信息学分析

为了研究Ⅶ型新城疫病毒（Newcastle disease virus，NDV）CY1株的进化情况，分析其遗传变异和基因功能，试验应用RT-PCR扩增NDV辽宁分离株CY1株的融合蛋白(fusion，F)基因，进行测序分析，构建系统进化树，并用生物信息软件对蛋白结构功能进行分析。结果显示，NDV F基因全长1662 bp，编码553个氨基酸。生物信息学分析结果表明，F蛋白的分子质量为58991.0 u，理论等电点为8.48，半衰期为30 h（哺乳动物类网状细胞），不稳定系数31.62，脂肪指数为108.12，总平均疏水性0.174，最大疏水性为3.078，最小疏水性为-2.578，信号肽序列为第1-31位氨基酸残基，跨膜区结构分析结果表明该蛋白为跨膜蛋白，预测可能含有6个N-糖基化作用位点、9个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点、7个蛋白激酶C磷酸化位点、14个N-豆蔻酰化位点、1个酰胺化位点、1个亮氨酸拉链、1个微体C端靶信号位点、1个双向核定位信号。系统进化分析结果表明，NDV CY1株与zj1株进化距离最近。