基于RNA-seq 的香蕉枯萎病菌转录因子FoSwi6敲除突变体的转录组分析 |
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引用本文: | 丁兆建,漆艳香,曾凡云,朱为菊,李立姐,彭军,谢艺贤,张欣.基于RNA-seq 的香蕉枯萎病菌转录因子FoSwi6敲除突变体的转录组分析[J].植物病理学报,2021,51(2):200-209. |
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作者姓名: | 丁兆建 漆艳香 曾凡云 朱为菊 李立姐 彭军 谢艺贤 张欣 |
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作者单位: | 琼台师范学院理学院,海口 571127; 中国热带农业科学院环境与植物保护研究所,海口 571101; 农业农村部热带作物有害生物综合治理重点实验室,海口 571101 |
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基金项目: | 2019年海南省基础与应用基础研究计划 (自然科学领域) 高层次人才项目 (2019RC249);国家自然科学基金项目 (31801690);琼台师范学院校级项目(qtyb201910) |
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摘 要: | 丝裂原活化蛋白激酶(Mitogen-activated Protein Kinase,MAPK)信号通路转录因子 FoSwi6 在调控香蕉枯萎病菌4号生理小种(Fusarium oxysporum f. sp. cubense race 4, Foc4)的生理特性和致病性方面发挥着重要作用。为解析转录因子 FoSwi6 的转录调控机制,本研究利用RNA-seq技术对该病菌野生型菌株和突变体ΔFoSwi6的转录组进行了比较分析,结果表明差异表达基因共有 5 728 个,其中上调表达基因有 2 682 个,下调表达基因有 3 046 个。Gene Ontology功能分析表明,差异表达基因主要富集在生物学过程(biological process)中的代谢过程(metabolic process)、细胞过程(cellular process)和单细胞过程(single-organism process),分子功能(molecular function)组分中的催化活性(catalytic activity)和结合(binding)区域。KEGG 显著性富集分析表明,差异表达基因主要富集在核糖体、乙醛酸和二羧酸代谢、氨基酸合成和 2-氧代环戊烷羧酸甲酯代谢通路。差异表达基因的in silico 分析,揭示其中12个基因可能参与调控Foc4的产孢、生长发育、氧化应激反应、细胞壁合成、甾醇合成、氮素吸收、毒素合成和致病性。该研究为阐明香蕉枯萎病菌的致病机理奠定了理论基础。
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关 键 词: | Fusarium oxysporum f. sp. cubense race 4 MAPK 转录组 差异表达基因 |
收稿时间: | 2020-03-26 |
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