| 卵菌与真菌Argonaute家族基因的生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 李喻菲,林龙,宣铭润,冯慧,叶文武,王源超.卵菌与真菌Argonaute家族基因的生物信息学分析[J].植物病理学报,1955,50(1):60-67. |
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| 作者姓名： | 李喻菲 林龙 宣铭润 冯慧 叶文武 王源超 |
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| 作者单位： | 南京农业大学植物保护学院,南京 210095 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金面上项目(31772140); 国家自然科学基金创新群体项目(31721004) |
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| 摘 要： | Argonaute蛋白广泛存在于真核生物与原核生物中,可在非编码小RNA或DNA的引导下,对完全匹配或部分匹配的靶标进行切割、翻译抑制或染色体修饰。本研究利用生物信息学对127种卵菌与真菌的基因组进行分析,旨在了解各个物种中AGO家族基因的数量、蛋白结构域、进化关系及转录模式等。结果发现,大部分卵菌与真菌的基因组中(51%)含有2个AGO基因,而疫霉菌和壶菌等平均含有4个以上。卵菌与真菌的AGO基因在进化上相互独立,多拷贝AGO基因可能是通过基因复制形成;大部分AGO基因具有6个可预测的功能域(即:N端、Linker 1、PAZ、Linker 2、MID和PIWI),并且在PAZ和PIWI功能域上,与核酸5'和3'端结合及与催化活性相关的氨基酸位点整体相对保守,仅个别位点存在一定的差异。侵染大豆过程中,大豆疫霉和终极腐霉的两对同源AGO基因具有保守的表达模式,且基因表达水平相对较高,可能具有相似的生物学功能。上述结果将为深入解析AGO介导的RNA干扰机制及生物学功能奠定基础。
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| 关 键 词： | 卵菌 真菌 Argonaute基因家族 RNA干扰 生物信息学 |
Bioinformatic analysis of Argonaute family genes in oomycetes and fungi |
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| LI Yu-fei,LIN Long,XUAN Ming-run,FENG Hui,YE Wen-wu,WANG Yuan-chao.Bioinformatic analysis of Argonaute family genes in oomycetes and fungi[J].Acta Phytopathologica Sinica,1955,50(1):60-67. |
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| Authors: | LI Yu-fei LIN Long XUAN Ming-run FENG Hui YE Wen-wu WANG Yuan-chao |
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| Institution: | College of Plant Protection, Nanjing Agricultural University, Nanjing 210095, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | oomycete fungi Argonaute family genes RNA interference bioinformatic analysis |
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