6种帘蛤科贝类18SrRNA基因全序列比较分析

对文蛤（Meretrix meretrix）、青蛤（Cyclina sinensis）、江户布目蛤（Protothaca jedoensis）、薄片镜蛤（Dosinia corrugata）、紫石房蛤（Saxidomus purpuraus）和菲律宾蛤仔（Ruditapes philippinarum）6种帘蛤科（Veneridae）贝类的18S rRNA基因序列进行了PCR扩增并测序,以期获得这一序列的基本特征,评估其种间变异程度,探讨这一序列在种类鉴定和分子系统发育等研究中的应用价值。测序结果表明,文蛤、青蛤、江户布目蛤、薄片镜蛤、紫石房蛤和菲律宾蛤仔18S rRNA基因序列全长分别为1900bp、1838bp、1831bp、1831bp、1829bp和1833bp。序列中A、T、C和G碱基的平均含量分别为24.0%、24.0%、24.2%和27.8%。用MEGA软件对6种帘蛤18S rRNA基因全序列进行了分析,对位排列后的总长度1 906 bp,其中变异位点210个,简约信息位点28个,si/sv=1.4（46/32）。从GenBank下载了7种帘蛤科贝类18S rDNA全序列,与本研究实测的6种帘蛤一起用MegAlign软件对其18S rDNA序列进行了比对,物种间序列相似百分比为88.7%-99.7%。文蛤与其他12物种间序列差异较大,序列差异百分比均超过了10%,其他各物种间序列差异百分比不超过3%。以异韧带亚纲（Anomalodesmata）笋螂目（Pholadomyoida）的Lyonsia floridana和Cardiomya costellata为外群,采用相邻连接法（NJ）和最大简约法（MP）构建了帘蛤科贝类的系统发育树,其拓扑结构显示雪蛤亚科（Chioninae）、帘蛤亚科（Venerinae）和镜蛤亚科（Dosiniinae）的种类首先聚在一起,形成一个聚类簇;缀锦蛤亚科（Tapetinae）、卵蛤亚科（Pitarinae）、仙女蛤亚科（Callistinae）、青蛤亚科（Cyclininae）和文蛤亚科（Meretricinae）的种类先后分别单独聚成一枝;最后所有帘蛤科物种聚为一枝,与外群相区别,说明18S rDNA序列适合作为帘蛤科系统发育研究的分子标记。

Sequence analysis of 18S rRNA gene of six Veneridae clams (Mollusca: Bivalvia)