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鲤基因组中1个新Tc1类转座子的发现与鉴定
引用本文:王全乐,冀培丰,徐鹏,孙效文.鲤基因组中1个新Tc1类转座子的发现与鉴定[J].中国水产科学,2011,18(6).
作者姓名:王全乐  冀培丰  徐鹏  孙效文
作者单位:中国水产科学研究院生物技术研究中心;上海海洋大学水产与生命学院;
基金项目:国家863计划项目(2009AA10Z105); 农业部公益性行业科研专项项目(200903045); 中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金项目(2009B002)
摘    要:在鲤(Cyprinus carpio)基因组中鉴别出一个新的具有潜在转座活性的Tc1类转座子,并命名为CCTN转座子(Cyprinus carpio Transposon,CCTN)。CCTN转座子全长1 611 bp,由两端约214 bp的反向重复序列(Inverted Repeat,IR)和中间不间断的996 bp的转座酶开放阅读框(Open Reading Frame,ORF)组成。CCTN转座子推测的转座酶序列中存在完整的DD(34)E结构域,此结构域是Tc1类转座酶作用的必需位点之一。采用实时荧光定量PCR评估CCTN转座子在鲤基因组中的拷贝数约为2.28×103,占全基因组的0.21%。分子系统学研究表明,CCTN转座子是一个新的鱼类Tc1类转座子,其与斑马鱼(Danio rerio)Tzf-28、大西洋鲑(Salmo salar)SALT1和鲽(Pleuronectes platessa)PPTN2等Tc1类转座子亲缘关系较近。

关 键 词:Tc1  转座子    拷贝数  重复序列  
修稿时间:2011/11/12 0:00:00

Identification and characterization of a novel Tc1-like transposon in the Cyprinus carpio genome
WANG Quanle,JI Peifeng,XU Peng,SUN Xiaowen.Identification and characterization of a novel Tc1-like transposon in the Cyprinus carpio genome[J].Journal of Fishery Sciences of China,2011,18(6).
Authors:WANG Quanle  JI Peifeng  XU Peng  SUN Xiaowen
Institution:WANG Quanle1,2,JI Peifeng1,XU Peng1,SUN Xiaowen1 1.Centre for Applied Aquatic Genomics,Chinese Academy of Fishery Sciences,Beijing 100141,China,2.College of Fishery and Life Sciences,Shanghai Ocean University,Shanghai 201306
Abstract:Tc1-like transposons are widely distributed within the genome of animal species.We identified a novel Tc1-like transposable element(CCTN) in the genome of common carp,Cyprinus carpio.CCTN is 1 611 bp in length,containing an inverted terminal repeat(214 bp) and a Tc1-like transposase gene(996 bp).The deduced amino acid sequence of CCTN transposase contains a DD(34)E motif,which is essential for the catalytic function of Tc1-like transposase.We used real-time quantitative PCR to measure the copy number of the...
Keywords:Tc1  transposon  Cyprinus carpio  copy number  repetitive elements  
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