| 中国对虾4代人工选育群体与1个野生群体遗传多样性分析及差异SNP位点筛查 |
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| 引用本文： | 盖超伟,李旭鹏,曹宝祥,陈宝龙,张雅文,刘绵宇,栾生,孔杰,孟宪红.中国对虾4代人工选育群体与1个野生群体遗传多样性分析及差异SNP位点筛查[J].中国水产科学,2021,28(12):1505-1514. |
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| 作者姓名： | 盖超伟 李旭鹏 曹宝祥 陈宝龙 张雅文 刘绵宇 栾生 孔杰 孟宪红 |
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| 作者单位： | 水产科学国家级实验教学示范中心, 上海海洋大学, 上海 201306 ；中国水产科学研究院黄海水产研究所, 农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室, 山东 青岛 266071;海洋国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室, 山东 青岛 266071 ；中国水产科学研究院黄海水产研究所, 农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室, 山东 青岛 266071 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金联合基金项目(U1706203)； 国家重点研发计划项目(2018YFD0901302)； 中国水产科学研究院创新团队项目(2020TD26). |
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| 摘 要： | 利用 2b-RAD 技术对中国对虾(Fenneropenaeus chinensis) 2015 年、2016 年、2017 年、2019 年 4 代选育群体和野生群体合计 821 尾个体进行简化基因组测序, 分析中国对虾人工选育群体和野生群体遗传多样性特征, 挖掘在持续人工选育过程中受选择的 SNP 位点。测序共得到 83767 个 SNP 位点, F-统计结果显示, 野生群体与选育群体间遗传分化系数(FST)均值为 0.022, 野生群体与 2019 年选育群体之间遗传分化程度最高为 0.0260, 与 2015 年选育群体之间遗传分化程度最低为 0.0190; 野生群体与选育群体之间遗传分化系数(FST)均小于 0.05, 为弱遗传分化。 群体主成分分析(PCA)结果显示野生群体与选育群体之间遗传结构未发生明显改变。遗传多样性统计结果表明，野生群体与选育群体期望杂合度(He)均值分别为 0.1716 和 0.1806, 观测杂合度(Ho)均值分别为 0.1861 和 0.1943, 多态性信息含量(PIC)均值分别为 0.1428 和 0.1515, 核苷酸多态性(Pi)均值分别为 0.1732 和 0.1813, 其中 2017 年、2019 年选育群体各遗传多样性指数与野生群体相比均存在显著差异(P＜0.05)。对不同世代选育群体与野生群体进行选择消除分析, 分别得到 92 个、103 个、166 个、117 个受选择 SNP 位点, 共有位点数目为 4 个。相邻世代选育群体之间等位基因频率逐代上升的共有位点数目为 7107 个, 其中 3674 个位点显著偏离哈迪–温伯格平衡(P＜0.05); 等位基因频率逐代下降的共有位点数目为 8501 个, 其中 4101 个位点显著偏离哈迪–温伯格平衡(P＜0.05)。研究结果表明, 中国对虾经过累代人工选育, 依然具有较高的遗传选育潜力, 可以继续作为人工选育材料。
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| 关 键 词： | 中国对虾 2b-RAD SNP 标记 遗传多样性 人工选择 |
Genetic diversity analysis and SNP loci screening of four generations of Fenneropenaeus chinensis and one wild population |
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| GAI Chaowei,LI Xupeng,CAO Baoxiang,CHEN Baolong,ZHANG Yawen,LIU Mianyu,LUAN Sheng,KONG Jie,MENG Xianhong.Genetic diversity analysis and SNP loci screening of four generations of Fenneropenaeus chinensis and one wild population[J].Journal of Fishery Sciences of China,2021,28(12):1505-1514. |
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| Authors: | GAI Chaowei LI Xupeng CAO Baoxiang CHEN Baolong ZHANG Yawen LIU Mianyu LUAN Sheng KONG Jie MENG Xianhong |
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