| 海带雄配子体抑制消减cDNA文库的生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 陆广琴,欧阳珑玲,周志刚.海带雄配子体抑制消减cDNA文库的生物信息学分析[J].中国水产科学,2009,16(2). |
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| 作者姓名： | 陆广琴 欧阳珑玲 周志刚 |
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| 作者单位： | 上海海洋大学农业部水产种质资源与养殖生态重点开放实验室,上海高校水产养殖学E-研究院,上海,201306 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金，教育部高等学校博士学科点专项科研基金，上海市教育委员会海洋生物学重点学科资助项目 |
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| 摘 要： | 对海带(Landnaria japonica Axesch.)雄配子体抑制消减cDNA文库进行生物信息学分析,并通过Northern印迹杂交进一步验证了雄配子体2个优先表达的基因.结果表明,(1)由627个克隆产生的618条高质量cDNA可聚类成187条非冗余序列(NRS);其中93条Contig由524条cDNA拼接而成,剩下的94条为Singleton(只有单条cDNA),冗余率达69.74%.(2)5条NRS因与rRNA基因相匹配而不进行分析;60条NRS与GenBank中注释蛋白基因显著匹配;122条NRS无显著匹配.(3)大部分已知功能的基因与物质和能量代谢(26.7%)、生长发育(13.3%)有关,其中与叶绿体光捕获蛋白复合体有关的基因有106条cDNA,所涉及的有lhcf6基因(62条cDNA)与fcp基因(12条cDNA)等.(4)经Northern印迹杂交证实lhcf6和fcp2个基因在处于营养生长期的雄配子体中优先表达.(5)90条Contig的总G+C含量平均值为52.58%,表明了密码子的使用对G、C有明显的倾向性;20个推测功能蛋白(1520密码子)密码子第三位碱基的使用偏好C(40.7%),其次是G(33.9%);终止密码子的使用偏好TGA(54.5%).本研究为海带雌、雄配子体差异表达基因克隆、分析和功能基因组学等研究提供了信息.
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| 关 键 词： | 海带 配子体 抑制消减杂交 基因表达 |
Bioinformatic analysis of a suppression subtractive cDNA library from Laminaria japonica male gametophytes |
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| LU Guang-qin,OUYANG Long-ling,ZHOU Zhi-gang.Bioinformatic analysis of a suppression subtractive cDNA library from Laminaria japonica male gametophytes[J].Journal of Fishery Sciences of China,2009,16(2). |
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| Authors: | LU Guang-qin OUYANG Long-ling ZHOU Zhi-gang |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | cDNA |
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