| 硬骨鱼类线粒体基因系统发育信息效率分析 |
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| 引用本文： | 陈姝君,赫崇波,木云雷,刘卫东,周遵春,高祥刚,丛林林.硬骨鱼类线粒体基因系统发育信息效率分析[J].中国水产科学,2008,15(1):12-21. |
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| 作者姓名： | 陈姝君 赫崇波 木云雷 刘卫东 周遵春 高祥刚 丛林林 |
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| 作者单位： | 1. 辽宁师范大学,生命科学学院,辽宁,大连,116029;辽宁省海洋水产科学研究院,辽宁省海洋水产分子生物学重点实验室,辽宁省应用海洋生物技术开放实验室,辽宁,大连,116023
2. 辽宁省海洋水产科学研究院,辽宁省海洋水产分子生物学重点实验室,辽宁省应用海洋生物技术开放实验室,辽宁,大连,116023 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金
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海洋经济实施科技推进平台与运行项目 |
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| 摘 要： | 采用PCR产物直接测序法获得圆斑星鲽（Verasper variegatus）和条斑星鲽（V．moseri）线粒体基因组的全部基因序列，并从GenBank中下载已知分类地位相关鱼类的线粒体基因的核苷酸序列和蛋白质氨基酸序列，用蛙、鸡、牛做外群，采用NJ和MP法，重建鱼类的系统发育树。通过计算各个基因在重建系统发育树时的准确率，估算该基因所含有的系统发育信息。结果表明，从氨基酸序列和核苷酸序列以及在目、科、属综合分析，这些基因的系统发育信息大致分为好（16S rRNA、ND2、ND4、12S rRNA、ND6、ND5）、中（Cytb、COII、COIII、ND1、COI）和差（ND3、ND4L、ATP6、ATP8）3个组。在目阶元，当用核苷酸序列分析时，12SrRNA、16SrRNA、COII、ND4、ND5和ND6最好，COI、COIII、Cytb、ND1和ND2为中等，而ND3、ATPase6、ATPase8和ND4L最差。当用氨基酸序列分析时，ND4和ND5最好，ND1、ND2、Cytb、ND6、COI、COII和ND4L为中等，ND3、ATPase6、COIII和ATPase8最差。在科阶元，当用核苷酸序列时，12SrRNA、16SrRNA、ND2和ND6系统发育信息最好；用氨基酸序列时，Cytb和ND2最好。在属阶元，所有基因的核苷酸序列都具有很好的系统发育信息，而COII、ND4L、ND1和ND3的氨基酸序列系统发育信息最差。本研究结果有助于进一步利用线粒体基因研究分析鱼类系统进化关系。
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| 关 键 词： | 圆斑星鲽 条斑星鲽 硬骨鱼 线粒体 系统发育 硬骨鱼类 线粒体基因 系统发育树 信息 效率分析 phylogenetic analysis genes 进化关系 基因研究 利用 序列分析 Cytb rRNA 综合分析 结果 估算 准确率 计算 重建 外群 |
| 文章编号： | 1005-8737-（2008）01-0012-10 |
| 收稿时间： | 2006-11-20 |
| 修稿时间： | 2007-04-20 |
Informative efficiencies of mitochondrial genes in phylogenetic analysis of teleostean |
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| CHEN Shu-jun,HE Chong-bo,MU Yun-lei,LIU Wei-dong,ZHOU Zun-chun,GAO Xiang-gang,CONG Lin-lin.Informative efficiencies of mitochondrial genes in phylogenetic analysis of teleostean[J].Journal of Fishery Sciences of China,2008,15(1):12-21. |
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| Authors: | CHEN Shu-jun HE Chong-bo MU Yun-lei LIU Wei-dong ZHOU Zun-chun GAO Xiang-gang CONG Lin-lin |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Verasper variegatus Verasper moseri teleostean mtDNA phylogeny |
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