| 吉富尼罗罗非鱼Ikaros基因5'调控区的克隆、序列分析及抗无乳链球菌相关SNP位点筛选 |
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| 引用本文： | 陈昆平,卢迈新,刘志刚,高风英,曹建萌,张德锋,李庆勇,胡欣欣.吉富尼罗罗非鱼Ikaros基因5''调控区的克隆、序列分析及抗无乳链球菌相关SNP位点筛选[J].中国水产科学,2018,25(2):237-250. |
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| 作者姓名： | 陈昆平 卢迈新 刘志刚 高风英 曹建萌 张德锋 李庆勇 胡欣欣 |
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| 作者单位： | 中国水产科学研究院珠江水产研究所农业部热带亚热带水产资源利用与养殖重点实验室;上海海洋大学水产与生命学院;惠州市渔业研究推广中心 |
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| 基金项目： | 现代农业产业技术体系专项资金项目（CARS-46）；广东省自然科学基金项目（2016A030313146）；国家自然科学基金项目（31502205）. |
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| 摘 要： | 为获得尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)抗链球菌病相关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)标记,本研究通过染色体步移法克隆了尼罗罗非鱼Ikaros基因5′调控区序列,长度为4178 bp,并使用生物信息学软件对Ikaros基因的启动子和转录调控元件进行预测和分析。利用PCR产物直接测序法从亲本(P0)尼罗罗非鱼Ikaros基因5′调控区中筛查到5个SNPs,分别为SNP1(g.562,GA)、SNP2(g.217,GT)、SNP3(g.–53,CT)、SNP4(g.–220,TC)和SNP5(g.–579,TC)。利用Snapshot技术对子一代(F1)尼罗罗非鱼易感群体和抗病群体进行相应SNPs的基因分型,分析两个群体遗传多样性参数,结果显示多态信息含量(polymorphism information content,PIC)值在0.0872~0.3747之间,表明Ikaros基因5′调控区中所有SNPs的多态性均较低。Ikaros基因5′调控区SNPs与抗链球菌病性状关联分析结果表明,SNP2、SNP3、SNP4和SNP5的基因型频率和等位基因频率在易感群体和抗病群体中存在显著差异(P0.05)。连锁不平衡分析结果显示Ikaros基因5′调控区SNPs可形成1个单倍块和5种单倍型,其中GGCTT单倍型与抗病性显著相关(P0.05),GGTCT和GTCCC单倍型与易感性显著相关(P0.05)。此外,还发现SNP2和SNP5处于完全连锁状态(r~2=1,LOD=57.25,D′=1),可作为罗非鱼抗链球菌病遗传育种的标签SNP。综上所述,在Ikaros基因5?调控区筛选到4个抗链球菌病相关SNPs和1个单倍型(GGCTT),均可作为尼罗罗非鱼分子育种的候选分子标记。
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| 关 键 词： | 尼罗罗非鱼 Ikaros基因5''调控区 单核苷酸多态性 无乳链球菌 |
| 修稿时间： | 2018/4/24 0:00:00 |
Molecular cloning analysis of the 5' regulatory region of Ikaros gene from Oreochromis niloticus and screening of its SNP markers for Streptococcus agalactiae resistance |
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| CHEN Kunping,LU Maixin,LIU Zhigang,GAO Fengying,CAO Jianmeng,ZHANG Defeng,LI Qingyong,HU Xinxin.Molecular cloning analysis of the 5'' regulatory region of Ikaros gene from Oreochromis niloticus and screening of its SNP markers for Streptococcus agalactiae resistance[J].Journal of Fishery Sciences of China,2018,25(2):237-250. |
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| Authors: | CHEN Kunping LU Maixin LIU Zhigang GAO Fengying CAO Jianmeng ZHANG Defeng LI Qingyong HU Xinxin |
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| Institution: | 1. Pearl River Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Guangzhou 510380, China;2. College of Fisheries and Life Science, Shanghai Ocean University, Shanghai 201306, China;3. Fisheries Research and Extension Center of Huizhou, Huizhou 516002, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Oreochromis niloticus 5''regulatory region of Ikaros gene single nucleotide polymorphism Streptococcus agalactiae |
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