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| 传染性造血器官坏死病毒-Sn1203株的基因型及糖蛋白的生物信息学分析 | |
| 引用本文： | 徐黎明,刘红柏,尹家胜,卢彤岩.传染性造血器官坏死病毒-Sn1203株的基因型及糖蛋白的生物信息学分析[J].中国水产科学,2014,21(1):180-188. |
| 作者姓名： | 徐黎明 刘红柏 尹家胜 卢彤岩 |
| 作者单位： | 中国水产科学研究院 黑龙江水产研究所, 黑龙江 哈尔滨 150070 |
| 基金项目： | 国家科技支撑计划(2012BAD25B10); 中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金项目(HSY201204). |
| 摘 要： | 利用鲤(Cyprinus carpio)上皮细胞(epitheliaoma
papulosum cyprini, EPC)培养传染性造血器官坏死病毒- Sn1203分离株(IHNV-Sn1203),
根据GenBank中IHNV G蛋白基因开放阅读框(open
reading frame, ORF)的序列设计引物(GenBank序列编号AB288207), 采用RT-PCR的方法克隆得到IHNV-Sn1203株G蛋白全长ORF,
克隆至表达载体pET27b(+)中, 构建了pET27-G重组质粒,
并进行了测序分析。生物信息学分析结果显示, IHNV-Sn1203株G蛋白基因序列长度为1 527 bp, 与韩国株具有最高的核酸同源性(96.86%)和氨基酸同源性(97.05%)。该基因编码508个氨基酸残基,
推导分子量约为56.55
kD, 等电点为6.15;
氨基酸序列分析表明,
G蛋白富含丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸,
存在28个潜在的磷酸化位点;
存在4个潜在的N-糖基化位点和7个潜在的O-糖基化位点;
G蛋白N端含有20个氨基酸的信号肽;
亲水性大于输水性;
位于483~508位氨基酸存在一跨膜区;
抗原表位预测显示抗原性良好; 系统进化树分析显示,
IHNV-Sn1203株与日本株和韩国株聚为一簇, 都属于JRt基因型。 |
| 关 键 词： | 传染性造血器官坏死病毒 糖蛋白 生物信息学分析 IHNV基因型 |
| 修稿时间： | 2015/6/30 0:00:00 |
The genotype of infectious haematopoietic necrosis virus isolate IHNV-Sn1203 and the bioinformatics analysis of its glycoprotein |
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| XU Liming,LIU Hongbai,YIN Jiasheng,LU Tongyan.The genotype of infectious haematopoietic necrosis virus isolate IHNV-Sn1203 and the bioinformatics analysis of its glycoprotein[J].Journal of Fishery Sciences of China,2014,21(1):180-188. | |
| Authors: | XU Liming LIU Hongbai YIN Jiasheng LU Tongyan |
| Institution: | Heilongjiang River Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Harbin 150070, China |
| Abstract: | |
| Keywords: | Infectious hematopoietic necrosis virus glycoprotein bioinformatics genotype |
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