| 文蛤转录组中微卫星位点生物信息分析#br# |
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| 引用本文： | 田镇,陈爱华,吴杨平,陈素华,张雨,曹奕,张志东,李秋洁.文蛤转录组中微卫星位点生物信息分析#br#[J].海洋渔业,2021,43(2):160-167. |
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| 作者姓名： | 田镇 陈爱华 吴杨平 陈素华 张雨 曹奕 张志东 李秋洁 |
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| 作者单位： | 上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心;江苏省海洋水产研究所 |
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| 基金项目： | 江苏省渔业科技类重大项目(D2018-1);江苏省自然科学基金项目(BK20181201);江苏省科技厅苏北专项(SZ-YC2018064);江苏省水产良种保种及更新——文蛤项目(2019-SJ-006);江苏省水产良种保种及更新——文蛤项目(2020-SJ-006);江苏省科技项目(BM2018029)。 |
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| 摘 要： | 采用生物信息学方法分析了文蛤(Meretrix meretrix)转录组中微卫星序列(简单重复序列,simple sequence repeat)的分布规律。结果表明:在文蛤转录组SSR中,单碱基重复序列的数量最多,有3001个;其次为三碱基和四碱基重复序列,分别为2254和2200个;二碱基重复序列1052个;五碱基重复序列332个;六碱基重复序列最少,仅13个。文蛤转录组SSR共包含26种重复基元,其中优势基元为单碱基重复A/T有2809个,其次为三碱基重复AAC/TTG有907个,四碱基和二碱基重复中的AAAC/TTTG和AT/TA分别有588和561个,说明文蛤转录组微卫星位点的分布对A/T具有偏好性。文蛤完整SSR的平均长度为18.34 bp,长度分布在12~20 bp,约占41%。研究结果将为研究文蛤SSR标记开发、群体遗传多样性、遗传连锁图谱、种质资源鉴定和分子遗传育种等后续研究提供基础数据。
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| 关 键 词： | 文蛤 转录组 微卫星特征 生物信息分析 |
Bioinformatics analysis of microsatellite sites in the RNA-sequencing of Meretrix meretrix |
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| TIAN Zhen,CHEN Aihua,WU Yangping,CHEN Suhua,ZHANG Yu,CAO Yi,ZHANG Zhidong,LI Qiujie.Bioinformatics analysis of microsatellite sites in the RNA-sequencing of Meretrix meretrix[J].Marine Fisheries,2021,43(2):160-167. |
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| Authors: | TIAN Zhen CHEN Aihua WU Yangping CHEN Suhua ZHANG Yu CAO Yi ZHANG Zhidong LI Qiujie |
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| Institution: | (National Demonstration Center for Experimental Fisheries Science Education,Shanghai Ocean University,Shanghai 201306,China;Jiangsu Institute of Marine Fisheries,Nantong 226007,China) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Meretrix meretrix RNA-sequencing microsatellite features bioinformatics analysis |
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