CODEHOP设计简并引物克隆花羔红点鲑肌钙蛋白及其生物信息分析

本实验通过无性生殖的方法得到了花羔红点鲑肌钙蛋白(Tnc)基因,并在使用生物信息学资源和生物软件的条件下,通过CODEHOP的方法对特定的氨基酸序列设计简并引物,并对得出的结果进行同源性分析同时构建其相对系统进化树.结果表明:通过CODEHOP的方法所设计出的引物简并度较其他方法得到的引物简并度低,DNA熔解温度(Tm值)修改较方便,产物具有较强的特异性;肌钙蛋白具有高度的保守性,将肌钙蛋白基因片断做结果比对,其编码的氨基酸序列与斑马鱼同源性可达96％,与大西洋鲑Salmo salar同源性为92％,白斑狗鱼Esoxlucius同源性为92％,虹鳟Oncorhynchus mykiss同源性为91％,斜带石斑鱼Epinepheluscoioides同源性为91％,斑点叉尾鮰Ictalurus punctatus同源性为85％.