| 快速高效miRNA分析流程在黄颡鱼中的应用 |
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| 引用本文： | 王平平,卢建国,王乐,栾培贤,王秋实,张晓峰.快速高效miRNA分析流程在黄颡鱼中的应用[J].水产学杂志,2016(5):27-31. |
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| 作者姓名： | 王平平 卢建国 王乐 栾培贤 王秋实 张晓峰 |
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| 作者单位： | 中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,黑龙江哈尔滨,150070 |
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| 基金项目： | 中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金(HSY201505) |
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| 摘 要： | 高通量测序技术速度快、成本低、通量高,广泛应用于miRNA领域研究。本研究基于高通量测序技术所产生的海量小RNA数据,结合已有的数据分析软件,开发了一套快速高效一键化的miRNA分析流程。该流程整合多个生物信息学数据分析软件,对多个miRNA高通量测序数据集进行标记、整合和去冗余分析,只需运行一次核心程序就可以实现对多个miRNA高通量测序数据的分析,避免每个样本单独数据分析的技术重复,精简后的数据集能大幅度减少软件计算量,显著提高软件运行效率。本研究利用快速高效miRNA分析流程分析黄颡鱼性腺XX卵巢、XY精巢、YY精巢的miRNA高通量测序数据,获得一批准确的黄颡鱼保守miRNA。在相同参数设置下,miRNA分析流程可以显著节约分析时间。该流程最终输出结果为多样本整合后的miRNA表达数据,便于研究者直接进行样本之间的比较和miRNA的表达差异,减少研究者手动整合分析结果的操作步骤。miRNA分析流程针对多样本miRNA测序数据具有明显的优势,样本越多测序量越大,软件运行效率越高。针对日益积累的海量小RNA测序数据,miRNA分析流程高效快速一键化数据处理优势将会越来越明显。
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| 关 键 词： | miRNA 高通量测序 miRNA识别方法 黄颡鱼 |
Rapid and Efficient miRNA Identification Pipeline and its Application in Yellow Catfish |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | miRNA high-throughput sequencing miRNA identification yellow catfish (Pelteobagrus fulvidraco) |
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