基于SLAF-seq技术的鱼康浪白鱼SNP位点开发

为进一步开展鱼康浪白鱼的分子生物学研究,采用SLAF-seq(specific length amplification fragment sequencing)技术获取鱼康浪白鱼大量多态性SLAF标签,进而通过序列分析开发一批特异性高的单核苷酸多态性(SNP)标记。试验共获得688615个SLAF标签,平均测序深度为107.73 x,其中多态性SLAF标签205138个,通过序列分析检测到487 639个SNP标记。试验表明,SLAF-seq技术可较好地用于鱼康浪白鱼SNP位点开发,其效率远远高于ISSR(inter-simple sequence repeat)、AFLP(amplified fragment length polymorphism)、RAPD(random amplified polymorphism DNA)等传统分子标记技术。从全基因组范围获得的SNP位点标记可用以进一步完成后续群体进化分析和特异性SNP标记的开发。