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大鲵皮肤cDNA文库ESTs分析及Dynll 2基因的分离与表达
引用本文:王立新,郑尧,李锋刚,李雯娟,刘小林.大鲵皮肤cDNA文库ESTs分析及Dynll 2基因的分离与表达[J].水产学报,2011,35(6):801-808.
作者姓名:王立新  郑尧  李锋刚  李雯娟  刘小林
作者单位:1. 西北农林科技大学动物科技学院,陕西,杨凌,712100;陕西省农业分子生物学重点实验室,陕西,杨凌,712100
2. 西北农林科技大学动物科技学院,陕西,杨凌,712100
基金项目:陕西省自然科学基金项目(2003C124);西北农林科技大学重点项目(01140513)
摘    要:以本实验室构建的大鲵皮肤cDNA文库为材料,通过文库质量检测、随机测序、ESTs拼接、COG软件进行基因注释等对文库进行了分析,并从中分离获得了大鲵胞质动力蛋白轻链2(dynein light chain,LC8-type 2,Dynll 2)基因的cDNA序列,对Dynll 2基因进行了生物信息学分析及组织表达研究。结果表明,本实验室构建的大鲵cDNA文库初级库容为1.50×106 cfu,文库重组率为94.8%,插入片段平均长度约为1 kb。400个随机克隆测序共获得343个有效ESTs,其中214条ESTs序列E值<10-6,经COG软件归为9大类,其中与分泌蛋白、细胞代谢、细胞骨架以及信号转导相关的基因表达量最高,分别为31.3%、14.0%、13.0%和12.6%。表明大鲵皮肤分泌活动强烈,代谢旺盛,这和大鲵皮肤发挥免疫、呼吸以及渗透压平衡等生理功能相一致。获得的大鲵Dynll 2基因全长为682 bp,其中5′-UTR为57 bp,3′-UTR为313 bp,生物信息学分析表明,该基因编码104个氨基酸,分子量为12.03 ku,等电点pI值为7.05。Dynll 2蛋白在88~104处有由里向外和由外向里的2个跨膜螺旋区,且二级结构以α—螺旋为主;在69~87处有典型的“ZnFC2H2”结构模体;经比较,其三级结构与鼠Dynll 2蛋白相似。Dynll 2蛋白的进化分析表明,大鲵与无尾两栖类相比,更接近陆生动物。荧光定量实验表明,大鲵Dynll 2基因在肌肉中高表达,在其他组织中低度表达。

关 键 词:大鲵    皮肤cDNA文库    Dynll  2基因    组织表达    进化关系
收稿时间:1/12/2011 2:07:12 AM
修稿时间:3/10/2011 1:42:47 AM

Construction of cDNA library of Andrias davidianus skin tissue and molecular cloning and expression analysis of Dynll 2 gene
WANG Li-xin,ZHENG Yao,LI Feng-gang,LI Wen-juan and LIU Xiao-lin.Construction of cDNA library of Andrias davidianus skin tissue and molecular cloning and expression analysis of Dynll 2 gene[J].Journal of Fisheries of China,2011,35(6):801-808.
Authors:WANG Li-xin  ZHENG Yao  LI Feng-gang  LI Wen-juan and LIU Xiao-lin
Institution:College of Animal Science Northwest A&F University
Abstract:
Keywords:Andrias davidianus  skin cDNA library  Dynll 2 gene  tissue expression  evolutionary relationship
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