首页 | 本学科首页   官方微博 | 高级检索  
     检索      

基于matK、rbcL和ITS序列的5种大叶藻系统发育研究
引用本文:李渊,孙典荣,李文涛,张沛东,江鑫,郭栋,高天翔.基于matK、rbcL和ITS序列的5种大叶藻系统发育研究[J].水产学报,2011,35(2):183-191.
作者姓名:李渊  孙典荣  李文涛  张沛东  江鑫  郭栋  高天翔
作者单位:1. 中国海洋大学水产学院,山东,青岛,266003
2. 中国水产科学研究院南海水产研究所,广东,广州,510300
基金项目:国家海洋公益项目(200805069); 国家自然科学基金项目(30700615)
摘    要:运用PCR直接测序法,对采自爱尔兰、日本、韩国和中国的大叶藻、矮大叶藻、丛生大叶藻和红须根虾形藻及GenBank中的宽叶大叶藻5种大叶藻叶绿体的matK、rbcL和核糖体ITS的部分序列进行测定,并比较分析了5种大叶藻3个目的片段的核苷酸序列,结果发现胞嘧啶(C)在3个目的片段上的含量均较低。ITS片段检测到172处核苷酸替换,表现出丰富的遗传多态性。matK基因片段上有52处核苷酸替换,rbcL基因片段上有20处核苷酸替换,且大部分替换来自于第三密码子的同义替换,种间在氨基酸水平上产生了一定的分化。基于ITS、matK和rbcL 3个目的片段,利用邻接法、最大简约法、最大似然法和贝叶斯法构建的系统发育树结果基本一致,明显分为3大支。矮大叶藻与大叶藻属间3种大叶藻的核苷酸最小差异值为19.33%,在分子数据上达到了属的水平。基于matK和rbcL基因片段拼接序列的分析结果表明:大叶藻与丛生大叶藻的分化时间在上新世(2~2.7百万年前),与宽叶大叶藻的分化时间在上新世(4~5.3百万年),与矮大叶藻的分化时间在渐新世(27~36百万年前),与红须根虾形藻的分化时间在始新世(33~44百万年前)。4个地区大叶藻的...

关 键 词:大叶藻属  虾形藻属  matK  rbcL  ITS  系统发育关系  
收稿时间:9/27/2010 4:25:23 PM
修稿时间:2010/12/2 0:00:00

Phylogenetic relationship in five Zosteraceae species based on matK, rbcL and ITS partial sequences
LI Yuan,SUN Dian-rong,LI Wen-tao,ZHANG Pei-dong,JIANG Xin,GUO Dong and GAO Tian-xiang.Phylogenetic relationship in five Zosteraceae species based on matK, rbcL and ITS partial sequences[J].Journal of Fisheries of China,2011,35(2):183-191.
Authors:LI Yuan  SUN Dian-rong  LI Wen-tao  ZHANG Pei-dong  JIANG Xin  GUO Dong and GAO Tian-xiang
Institution:LI Yuan1,SUN Dian-rong2,LI Wen-tao1,ZHANG Pei-dong1,JIANG Xin1,GUO Dong1,GAO Tian-xiang1*(1.Fisheries College,Ocean University of China,Qingdao 266003,China,2.South China Sea Fisheries Research Institute,Chinese Academy of Fishery Science,Guangzhou 510300,China)
Abstract:Fragments of the nuclear ribosome(ITS)and the chloroplast(matK and rbcL)regions were successfully suitable for phylogenetic relationship analysis.With sequencing by PCR amplification,the paper analyzed the phylogenetic relationship of 5 Zosteraceae species(Zostera marina,Z.japonica,Z.caespitosa,Z.asiatica and Phyllospadix iwatensis),which were collected from Ireland,Japan,Korea,China and GenBank.Partial nucleotide sequences of matK,rbcL gene and ITS were analyzed for five Zosteraceae species,and nucleotide ...
Keywords:Zostera  Phyllospadix  matK  rbcL  internal transcribed spacer  phylogenetic relationship  
本文献已被 CNKI 万方数据 等数据库收录!
点击此处可从《水产学报》浏览原始摘要信息
点击此处可从《水产学报》下载免费的PDF全文
设为首页 | 免责声明 | 关于勤云 | 加入收藏

Copyright©北京勤云科技发展有限公司  京ICP备09084417号