| 草鱼Ⅰ型胶原蛋白α1基因cDNA全序列克隆、组织分布及其生物信息学分析 |
| |
| 引用本文： | 刘邦辉,郁二蒙,王广军,余德光,谢 骏,王海英,龚望宝.草鱼Ⅰ型胶原蛋白α1基因cDNA全序列克隆、组织分布及其生物信息学分析[J].水产学报,2012,36(6):849-858. |
| |
| 作者姓名： | 刘邦辉 郁二蒙 王广军 余德光 谢 骏 王海英 龚望宝 |
| |
| 作者单位： | 1. 中国水产科学研究院珠江水产研究所,农业部热带亚热带水产资源利用与养殖重点实验室,广东广州510380;上海海洋大学水产与生命学院,上海201306
2. 中国水产科学研究院珠江水产研究所,农业部热带亚热带水产资源利用与养殖重点实验室,广东广州510380 |
| |
| 基金项目： | 广东省自然科学基金自由申请项目(10151038001000004); 现代农业产业体系建设专项项目(nycytx-49); 广东省海洋渔业科技推广项目(A200901D04) |
| |
| 摘 要： | 利用PCR和RACE方法首次克隆了编码草鱼肌肉Ⅰ型胶原蛋白的α1基因(COL1A1)的cDNA全长序列,为5772bp,其开放阅读框为4347bp,编码1448个氨基酸。BLAST同源性分析结果显示,草鱼COL1A1基因的氨基酸序列与斑马鱼、金鱼同源性较高,分别为93.90%和93.60%,呈现出较高的保守性。系统进化树分析表明,该基因与斑马鱼、金鱼处于同一支,亲缘性最近。生物信息学分析显示,草鱼COL1A1蛋白质的相对分子质量为137.2ku,理论等电点是5.44,为α螺旋β折叠三重螺旋结构蛋白。有18段三重螺旋重复域,22段低复杂度域,17个功能域。COL1A1蛋白有33～69,1249～1355两个绑定钙的区域和62～104一个绑定锌的区域。利用半定量RT-PCR方法检测的组织表达结果表明,COL1A1基因在草鱼肌肉、肠道、肝胰脏、鳃、皮肤、鳍条、肾脏和脾脏8个组织中均有表达,其中在皮肤、鳃、肾脏、鳍条组织中的mRNA表达量高于其他4个组织(P<0.05)。
|
| 关 键 词： | 草鱼 Ⅰ型胶原蛋白 COL1A1 组织分布 生物信息学 |
| 收稿时间： | 2011/10/12 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2011/12/30 0:00:00 |
Cloning, mRNA expression and bioinformatic analysis of full length type I collagen alpha 1 cDNA from grass carp (Ctenopharyngodon idellus) |
| |
| LIU Bang-hui,YU Er-meng,WANG Guang-jun,YU De-guang,XIE Jun,WANG Hai-ying and GONG Wang-bao.Cloning, mRNA expression and bioinformatic analysis of full length type I collagen alpha 1 cDNA from grass carp (Ctenopharyngodon idellus)[J].Journal of Fisheries of China,2012,36(6):849-858. |
| |
| Authors: | LIU Bang-hui YU Er-meng WANG Guang-jun YU De-guang XIE Jun WANG Hai-ying and GONG Wang-bao |
| |
| Institution: | Key Laboratory of Tropical & Subtropical Fishery Resource Application & Cultivation, Ministry of Agriculture, Pearl River Fisheries Research Institute of CAFS,Key Laboratory of Tropical & Subtropical Fishery Resource Application & Cultivation, Ministry of Agriculture, Pearl River Fisheries Research Institute of CAFS,Key Laboratory of Tropical & Subtropical Fishery Resource Application & Cultivation, Ministry of Agriculture, Pearl River Fisheries Research Institute of CAFS,Key Laboratory of Tropical & Subtropical Fishery Resource Application & Cultivation, Ministry of Agriculture, Pearl River Fisheries Research Institute of CAFS,Key Laboratory of Tropical & Subtropical Fishery Resource Application & Cultivation, Ministry of Agriculture, Pearl River Fisheries Research Institute of CAFS,Key Laboratory of Tropical & Subtropical Fishery Resource Application & Cultivation, Ministry of Agriculture, Pearl River Fisheries Research Institute of CAFS,Key Laboratory of Tropical & Subtropical Fishery Resource Application & Cultivation, Ministry of Agriculture, Pearl River Fisheries Research Institute of CAFS |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | Ctenopharyngodon idella type I collagen COL1A1 mRNA expression bioinformatics |
| 本文献已被 CNKI 万方数据 等数据库收录！ |
| 点击此处可从《水产学报》浏览原始摘要信息 |
| 点击此处可从《水产学报》下载免费的PDF全文 |
|
