| 瘤背石磺线粒体基因组全序列分析 |
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| 引用本文： | 魏峦峦,沈和定,张雨,方磊,张坤霞,陈诚.瘤背石磺线粒体基因组全序列分析[J].水产学报,2011,35(4):493-500. |
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| 作者姓名： | 魏峦峦 沈和定 张雨 方磊 张坤霞 陈诚 |
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| 作者单位： | 上海海洋大学水产与生命学院,上海,201306 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(30972259);上海海洋大学博士科研启动基金;上海市科委项目(10DZ0503200);上海市教委重点学科项目(J50701) |
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| 摘 要： | 采用LA-PCR技术对瘤背石磺线粒体基因组全序列进行了测定和分析。结果表明,瘤背石磺线粒体基因组序列全长13 957 bp,由22个tRNA、2个rRNA、13个蛋白编码基因和19个长度为2~138 bp的非编码区组成。4个蛋白质编码基因和8个tRNA基因从L链编码,其余基因均从H链编码。蛋白质基因的起始密码子,除ND2为TTG以外,均为典型的起始密码子ATN。COⅢ和Cytb基因使用了不完全终止密码子T,其余基因均使用典型的TAA或TAG。预测了22个tRNA基因的二级结构,发现tRNASer缺少DHU臂,tRNASer和tRNAThr的反密码子环上有9个碱基,而不是通常的7个碱基。最长的非编码区含有类似于tRNA的二级结构。基于线粒体基因组编码的13个蛋白质的氨基酸序列,用NJ、MP、ME和UPGMA法构建系统进化树。分析6种软体动物之间的亲缘关系,结果与传统的系统分类基本一致。研究初步确定瘤背石磺与平疣桑椹石磺的亲缘关系比与凯尔特石磺的亲缘关系近。
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| 关 键 词： | 瘤背石磺 线粒体基因组 序列分析 系统进化树 |
| 收稿时间： | 8/2/2010 2:41:40 PM |
| 修稿时间： | 2010/11/20 0:00:00 |
Analysis of complete mitochondrial genome of Onchidium struma (Mollusca:Gastropoda:Pulmonata:Onchidiidae) |
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| WEI Luan-luan,SHEN He-ding,ZHANG Yu,FANG Lei,ZHANG Kun-xia and CHEN Cheng.Analysis of complete mitochondrial genome of Onchidium struma (Mollusca:Gastropoda:Pulmonata:Onchidiidae)[J].Journal of Fisheries of China,2011,35(4):493-500. |
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| Authors: | WEI Luan-luan SHEN He-ding ZHANG Yu FANG Lei ZHANG Kun-xia and CHEN Cheng |
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| Institution: | Shanghai Ocean University,Shanghai Ocean University |
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| Abstract: | The complete mitochondrial genome of the Onchidium struma is important for general molecular and evolutionary studies in Onchidiidae.Via long and accurate polymerase chain reaction(LA-PCR),a complete mitochondrial genome sequence of the O.struma was determined and analyzed.The results indicated that the complete mitochondrial genome of O.struma a is circular molecule of 13 957 nucleotides.The gene content includes 22 tRNAs,2 rRNAs and 19 non-coding regions from 2 bp to 138 bp in size.Two protein genes and 4... |
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| Keywords: | Onchidium struma mitochondrial genome sequence analysis phylogenetic tree |
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