| 基于中国明对虾不同组织EST数据的基因表达差异分析 |
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| 引用本文： | 隗健凯,柳承璋,张晓军,王兵,董波,李富花,相建海.基于中国明对虾不同组织EST数据的基因表达差异分析[J].水产学报,2013,37(5):661-671. |
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| 作者姓名： | 隗健凯 柳承璋 张晓军 王兵 董波 李富花 相建海 |
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| 作者单位： | 1. 中国科学院海洋研究所实验海洋生物学重点实验室,山东青岛266071;中国科学院大学,北京 100049
2. 中国科学院海洋研究所实验海洋生物学重点实验室,山东青岛,266071 |
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| 基金项目： | 国家“八六三”高技术研究发展计划(2012AA10A404,2012AA092205);国家自然科学基金项目(30972245,41076101,31172396) |
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| 摘 要： | 对前期获得的中国明对虾头胸部、血液、眼柄、卵巢4种组织的EST测序数据进行了生物信息学挖掘和分析.4种组织的原始EST序列分别为10 446条、2 690条、1 067条和1 282条,通过聚类拼接得到unigene 3 454条、1 053条、406条和544条,对其进行了NR、GO、KEGG等数据库的功能注释,并在此基础上进行了组织差异分析.通过同源比对的方法找出了各组织特异的转录本,并根据注释信息将其进行了GO功能分类.结果显示,血液组在细胞杀伤、迁移和节律等功能分类上特异性富集；眼柄组在色素生成、信号传递和生物学调控等功能分类上特异性富集；卵巢组在营养贮存运输、繁殖和定位等功能分类上特异性富集.拼接时聚类到一起的EST数目在一定程度上可以代表基因的表达量,据此对各组织的高表达基因进行了分析.结果显示,peritrophin、elongation factor 1-alpha、thrombospondin和arginine kinase 4个基 因在组织中分布较为广泛且表达量高,提示其可能参与对虾多种重要的生物学过程.而在血液组中注释到的高表达基因还包括penaeidin、cytochrome c oxidase和14-3-3 like protein基因,在眼柄组中注释到的高表达基因还包括arrestin和rhodopsin基因.此外,为了解各组织共有基因的差异表达情况,对peritrophin和peroxiredoxin进行了分析,发现了peritrophin基因的多形式和高表达现象.
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| 关 键 词： | 中国明对虾 表达序列标签(EST) 组织差异 组织高表达基因 |
| 收稿时间： | 2012/10/9 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2013/1/28 0:00:00 |
Differential gene expression analysis based on expressed sequence tags(EST) from different tissues of Fenneropenaeus chinensis |
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| WEI Jiankai,LIU Chengzhang,ZHANG Xiaojun,WANG Bing,DONG Bo,LI Fuhua and XIANG Jianhai.Differential gene expression analysis based on expressed sequence tags(EST) from different tissues of Fenneropenaeus chinensis[J].Journal of Fisheries of China,2013,37(5):661-671. |
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| Authors: | WEI Jiankai LIU Chengzhang ZHANG Xiaojun WANG Bing DONG Bo LI Fuhua and XIANG Jianhai |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Fenneropenaeus chinensis expressed sequence tags(EST) tissue variability tissue highly expressed genes |
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