双须骨舌鱼转录组EST-SSR标记开发与引物筛选 |
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引用本文: | 王且鲁,刘奕,宋红梅,汪学杰,刘超,牟希东,胡隐昌,罗建仁.双须骨舌鱼转录组EST-SSR标记开发与引物筛选[J].淡水渔业,2016(6):8-13. |
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作者姓名: | 王且鲁 刘奕 宋红梅 汪学杰 刘超 牟希东 胡隐昌 罗建仁 |
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作者单位: | 1. 农业部热带亚热带水产资源利用与养殖重点实验室,中国水产科学研究院珠江水产研究所,广州 510380; 上海海洋大学水产与生命学院,上海 201306;2. 农业部热带亚热带水产资源利用与养殖重点实验室,中国水产科学研究院珠江水产研究所,广州 510380 |
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基金项目: | 广东省自然科学基金(2014A030310397),国家水产种质资源平台(2016DKA30470) |
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摘 要: | 利用MISA软件对双须骨舌鱼(Osteoglossum bicirrhosum)性腺转录组测序获得的188 461条Unigene进行SSR检测,结果在11 917个Unigene中共检测到SSR位点12 578个,其中包含2个及以上SSR位点的Unigene有633个。SSR的发生频率为6.32%,平均分布距离为9 949 bp。在筛选到的SSR位点中,优势重复基序为二核苷酸、三核苷酸和四核苷酸,其中二核苷酸重复基序数量最多,占总数的50.52%。重复基元类型共216种,其中数量最多的类型为二核苷酸重复AC/GT,占总数的20.66%。从所有筛选出的SSR位点中随机选取50个位点并运用Primer Premier 5.0设计引物,共有25对引物成功扩增出特异性产物,并且均在同科的美丽硬仆骨舌鱼(Scleropages formosus)的三个亚种中通用。结果表明,转录组测序产生的EST序列是开发SSR标记的有效来源,开发所得EST-SSR引物可用于双须骨舌鱼及其近缘物种遗传分析、遗传图谱构建以及分子标记辅助育种等工作中。
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关 键 词: | 双须骨舌鱼(Osteoglossum bicirrhosum) 转录组 EST-SSR |
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