| 乌鳢和斑鳢EST序列微卫星信息分析 |
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| 引用本文： | 谢楠,刘凯,冯晓宇,姚桂桂,潘彬斌.乌鳢和斑鳢EST序列微卫星信息分析[J].淡水渔业,2016(3):16-22. |
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| 作者姓名： | 谢楠 刘凯 冯晓宇 姚桂桂 潘彬斌 |
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| 作者单位： | 杭州市农业科学研究院,杭州,310024 |
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| 基金项目： | 浙江省水产农业新品种选育重大科技专项(2012C12907-7) |
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| 摘 要： | 乌鳢(Channa argus,♂)、斑鳢(Channa maculatus,♀)是杂交鳢"杭鳢1号"的亲本。利用高通量测序技术对乌鳢和斑鳢的肝脏进行转录组测序获得大量EST序列后,利用MISA软件进行微卫星信息分析,结果表明,通过转录组测序获得乌鳢EST序列59 959条,长度45 mb,发现15 428个SSR,出现频率为25.73%;获得斑鳢EST序列44 337条,长度27 mb,发现8 439个SSR,出现频率为19.03%。在乌鳢和斑鳢EST-SSR中,重复单元以1~2碱基重复为最多,并以长度小于16 bp的短重复序列为主,间隔SSR和复合SSR的EST序列RPKM均值要低于单纯型SSR的EST序列RPKM均值,且在单纯型SSR中SSR长度越长,其RPKM均值则越低。
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| 关 键 词： | 乌鳢(Channa argus) 斑鳢(Channa maculatus) EST序列 微卫星 |
Analysis of simple sequence repeats information in expressed sequence tags of Channa argus and Channa maculatus |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Channa argus Channa maculatus expressed sequence tags simple sequence repeats |
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