| 基于转录组测序的兴国红鲤微卫星标记筛选 |
| |
| 引用本文： | 岳华梅,翟晴,宋明月,叶欢,杨晓鸽,李创举.基于转录组测序的兴国红鲤微卫星标记筛选[J].淡水渔业,2016(1):24-28. |
| |
| 作者姓名： | 岳华梅 翟晴 宋明月 叶欢 杨晓鸽 李创举 |
| |
| 作者单位： | 农业部淡水多样性保护重点实验室，中国水产科学研究院长江水产研究所，武汉 430223 |
| |
| 基金项目： | 国家高技术研究发展计划项目课题一(2011AA100401) |
| |
| 摘 要： | 采用Illumina高通量测序技术,对兴国红鲤(Cyprinus carpio var.singuonensis)垂体和性腺等组织进行转录组测序分析,筛选微卫星标记并分析其组成及特征。结果显示:共获得13 652个微卫星标记,对所得位点进行分类,单核苷酸重复类型占47.86%,二、三、四、五、六核苷酸重复类型所占比例分别为34.43%、16.32%、1.25%、0.12%以及0.02%。随机选取30个SSR位点进行PCR验证,有20对可以扩增出清晰稳定的条带。在24个兴国红鲤个体中对上述位点进行多态性分析,结果表明,具有多态性的微卫星引物为9对。不同位点得到的等位基因范围为2~4,平均等位基因数为3.111 1±0.993 8,观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)以及多态信息含量(PIC)平均值分别为0.597 2±0.233 2、0.539 7±0.178 0和0.467 2±0.172 1。9个微卫星位点中,有4个显著偏离哈代-温伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium,HWE)(P0.05)。Illumina高通量测序提供了一种直观、高效开发微卫星标记的方法,所选兴国红鲤群体遗传多样性维持较好。
|
| 关 键 词： | 兴国红鲤(Cyprinus carpio var.singuonensis) 高通量测序 微卫星标记 |
Develo pment of microsatellite markers in Cyprinus carpio var.singuonensis using next-generation sequencing |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | Cyprinus carpio var signuonensis high-throughput sequencing microsatellite markers |
| 本文献已被 CNKI 万方数据 等数据库收录！ |
|
