| 花生AT-hook家族基因的生物信息学分析 |
| |
| 引用本文： | 胡冬秀,刘浩,梁炫强,吴自明,方加海.花生AT-hook家族基因的生物信息学分析[J].热带作物学报,2021,42(3):649-659. |
| |
| 作者姓名： | 胡冬秀 刘浩 梁炫强 吴自明 方加海 |
| |
| 作者单位： | 1.江西农业大学作物生理生态与遗传育种教育部重点实验室,江西南昌 3300452.广东省农业科学院作物研究所/国家油料作物改良中心南方分中心/广东省农作物遗传改良重点实验室,广东广州 510640 |
| |
| 基金项目： | 广东省自然科学基金面上项目(No.2020A1515010021)。 |
| |
| 摘 要： | AT-hook蛋白不仅在植物生长发育、器官构建、胁迫和激素信号应答中起重要作用,而且还作为染色质重塑的转录因子和辅助因子,调节基因的转录活性。为全面了解花生AT-hook基因家族的结构特征,利用生物信息学技术比对花生基因组数据库,分析AT-hook基因家族成员的理化性质、基因结构、保守结构域和系统发育关系以及在12个组织中的表达特异性。结果表明：在花生基因组数据库中鉴定得到64个AT-hook基因,染色体定位显示这些基因在染色体上呈不均匀分布。系统发育树分析表明花生AT-hook基因可分为8个亚群,多数基因都含有5?-UTR和3?-UTR。MEME数据库显示,花生AT-hook基因编码的蛋白质包含6个保守的结构域,大多数AT-hook蛋白含有RGRP和PPC的基序。表达热图显示,AT-hook基因在不同花生组织中呈现特定的表达模式,如arahy.BT3IUC、arahy.QUTE6V、arahy.8MM6DT、arahy.RIX96U和arahy.T2XHT6在根中高度表达,但arahy.EW3BSR和arahy.CSXK13分别在雌蕊和叶片中高丰度均匀转录。本研究结果为进一步阐明花生基因组中AT-hook基因的潜在分子功能提供理论参考。
|
| 关 键 词： | 花生 AT-hook 生物信息学 基因家族 |
| 收稿时间： | 2020-05-19 |
Bioinformatics Analysis of AT-hook Genes Family in Peanut(Arachis hypogaea L.) |
| |
| HU Dongxiu,LIU Hao,LIANG Xuanqiang,WU Ziming,FANG Jiahai.Bioinformatics Analysis of AT-hook Genes Family in Peanut(Arachis hypogaea L.)[J].Chinese Journal of Tropical Crops,2021,42(3):649-659. |
| |
| Authors: | HU Dongxiu LIU Hao LIANG Xuanqiang WU Ziming FANG Jiahai |
| |
| Institution: | 1. Jiangxi Key Laboratory of Crop Physiology, Ecology and Genetic Breeding, Ministry of Education, Jiangxi Agricultural University, Nanchang, Jiangxi 330045, China2. Crops Research Institute, Guangdong Academy of Agricultural Sciences / South China Peanut Sub-Center of National Center of Oilseed Crops Improvement / Guangdong Provincial Key Laboratory of Crop Genetic Improvement, Guangzhou, Guangdong 510640, China |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | peanut AT-hook bioinformatics analysis gene family |
| 本文献已被 CNKI 维普 等数据库收录！ |
| 点击此处可从《热带作物学报》浏览原始摘要信息 |
| 点击此处可从《热带作物学报》下载免费的PDF全文 |
|
