| 甘蔗EST序列的SSR信息分析 |
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| 引用本文： | 闫学兵,阙友雄,许莉萍,郭晋隆,陈如凯,潘永保.甘蔗EST序列的SSR信息分析[J].热带作物学报,2010,31(9):1497-1501. |
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| 作者姓名： | 闫学兵 阙友雄 许莉萍 郭晋隆 陈如凯 潘永保 |
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| 作者单位： | 农业部甘蔗遗传改良重点开放实验室;农业部甘蔗遗传改良重点开放实验室;农业部甘蔗遗传改良重点开放实验室;农业部甘蔗遗传改良重点开放实验室;农业部甘蔗遗传改良重点开放实验室;美国农业部甘蔗研究所 |
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| 基金项目： | 现代农业产业技术体系建设专项资金，国家948项目 |
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| 摘 要： | 从NCBI公共数据库获得262 113条甘蔗EST,通过前处理和聚类拼接得到全长为50 058.89 kb的无冗余Unigene 62 565条。在这些序列中搜索出9 482个SSRs,出现频率是15.15%;平均5.28 kb出现1个SSR。三核苷酸重复是主要的类型,占总SSRs的45.92%。CT和CGC是二、三核苷酸中的优势重复类型,分别占二、三核苷酸重复的21.22%和8.18%。此外还对筛选出的SSR进行多态性预测,得到了长度在20 bp以上的低级基元一、二、三核苷酸EST-SSR共1 405条,占长度20 bp以上的SSR总数的59.16%。结果为甘蔗EST-SSR标记的开发和相关分子生物学研究提供资料和奠定基础。
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| 关 键 词： | 甘蔗 表达序列标签 简单重复序列 特性 |
Analysis of SSR Information in EST Resources of Sugarcane |
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| Yan Xuebing,Que Youxiong,Xu Liping,Guo Jinlong,Chen Rukai and Pan YongBao.Analysis of SSR Information in EST Resources of Sugarcane[J].Chinese Journal of Tropical Crops,2010,31(9):1497-1501. |
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| Authors: | Yan Xuebing Que Youxiong Xu Liping Guo Jinlong Chen Rukai and Pan YongBao |
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| Institution: | The Key Lab of Sugarcane Genetic Improvement, Ministry of Agriculture;The Key Lab of Sugarcane Genetic Improvement, Ministry of Agriculture;The Key Lab of Sugarcane Genetic Improvement, Ministry of Agriculture;The Key Lab of Sugarcane Genetic Improvement, Ministry of Agriculture;The Key Lab of Sugarcane Genetic Improvement, Ministry of Agriculture;USDA-ARS, Sugarcane Research Unit |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Sugarcane Expressed sequence tag(EST) Simple seuqence repeat(SSR) Characteristics |
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