| 基于EST和GSS序列的巨桉miRNA研究 |
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| 引用本文： | 李崇奇,沈文涛,言普,黎小瑛,周鹏.基于EST和GSS序列的巨桉miRNA研究[J].热带作物学报,2014,35(6):1108-1116. |
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| 作者姓名： | 李崇奇 沈文涛 言普 黎小瑛 周鹏 |
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| 作者单位： | 1 海南大学农学院 2 中国热带农业科学院热带生物技术研究所，分析测试中心 3 海南医学院生物化学与分子生物学教研室;中国热带农业科学院热带生物技术研究所，分析测试中心;中国热带农业科学院热带生物技术研究所，分析测试中心;中国热带农业科学院热带生物技术研究所，分析测试中心;1 海南大学农学院 2 中国热带农业科学院热带生物技术研究所，分析测试中心 |
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| 摘 要： | 应用miRtour在线分析工具对巨桉的EST序列和GSS序列进行分析,预测巨桉的miRNA序列,应用psrobot预测miRNA的靶基因。结果发现205条miRNA前体序列和属于62个不同家族的170条成熟的miRNA序列,最大的miRNA家族为miR399家族,有17个成员;miRNA 5′段碱基存在明显的碱基偏倚,尿嘧啶出现频率高达40.6%;147个miRNA预测到了靶基因,共计预测到巨桉蛋白基因中有967个受到miRNA的调节,同时发现1个miRNA可以调控多个靶基因,同一蛋白质受多个miRNA调控的现象。
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| 关 键 词： | 巨桉 miRNA EST GSS |
Identification of microRNA in Eucalyptus grandis |
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| LI Chongqi,SHEN Wentao,YAN Pu,LI Xiaoying and ZHOU Peng.Identification of microRNA in Eucalyptus grandis[J].Chinese Journal of Tropical Crops,2014,35(6):1108-1116. |
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| Authors: | LI Chongqi SHEN Wentao YAN Pu LI Xiaoying and ZHOU Peng |
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| Institution: | 1 College of Agronomy, Hainan University 2 Analysis & Testing Center, Institute of Tropical Bioscience and Biotechnology, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences 3 Department of Biochemistry and Molecular Biology, Hainan Medical College;Analysis & Testing Center, Institute of Tropical Bioscience and Biotechnology, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences;Analysis & Testing Center, Institute of Tropical Bioscience and Biotechnology, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences;1 College of Agronomy, Hainan University 2 Analysis & Testing Center, Institute of Tropical Bioscience and Biotechnology, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Eucalyptus grandis miRNA EST GSS |
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