| 可可泛素结合酶基因家族的生物信息学初步分析 |
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| 引用本文： | 赵秋芳,董晨,决登伟,陈宏良,贾利强.可可泛素结合酶基因家族的生物信息学初步分析[J].热带作物学报,2016,37(9):1732-1740. |
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| 作者姓名： | 赵秋芳 董晨 决登伟 陈宏良 贾利强 |
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| 作者单位： | 中国热带农业科学院南亚热带作物研究所,广东湛江524091;农业部热带果树生物学重点实验室,广东湛江524091 |
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| 基金项目： | 南亚热带作物资源保护与利用；国家自然科学基金（No. 31501818）；中国热带农业科学院南亚热带作物研究所基本科研业务费专项（No. 1630062014010、1630062015003）。 |
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| 摘 要： | 泛素结合酶(E2s)促进底物泛素化或者与E3s链接,是靶蛋白泛素化的关键酶,在泛素-蛋白酶体途径中起重要作用。利用可可(Theobroma cacao L.)全基因组测序数据,共鉴定出45个E2s基因家族成员,包括39个UBC和6个UEV基因。通过生物信息学方法,对可可E2s家族的基本理化性质、基因结构、二级结构预测、亚细胞定位、进化关系等方面进行初步分析。结果表明:可可E2s基因CDS长度在441(Tc UEV3)~3 651 bp(Tc UBC7)之间,对应的编码蛋白氨基酸数目在146(Tc UEV3)~1 216 aa(Tc UBC7)之间,编码蛋白分子量在16.39~134.71 ku之间。E2s基因外显子在1~11之间,多数基因外显子数目在5~7之间。E2s基因在10条染色体上均有分布,1号染色体为7个,数量最多;6号染色体2个基因,数量最少。可可E2s蛋白大多为不稳定蛋白,且均为亲水性蛋白,其二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主要构成元件。大多数可可E2s蛋白定位在细胞核,少数定位在内质网或者细胞质。进化树分析表明:可可E2s蛋白被分为20个亚家族,包括16个UBC亚家族和4个UEV亚家族,第Ⅵ亚家族E2s数目最多为9个;E2s家族蛋白在物种进化过程中具有高度保守性。
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| 关 键 词： | 可可 泛素结合酶(E2s) 基因家族 生物信息学 |
Bioinformatics Preliminary Analysis of Ubiquitin Conjugating Enzyme Gene Family in Cacao |
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| ZHAO Qiufang,DONG Chen,JUE Dengwei,CHEN Hongliang and JIA Liqiang.Bioinformatics Preliminary Analysis of Ubiquitin Conjugating Enzyme Gene Family in Cacao[J].Chinese Journal of Tropical Crops,2016,37(9):1732-1740. |
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| Authors: | ZHAO Qiufang DONG Chen JUE Dengwei CHEN Hongliang and JIA Liqiang |
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| Institution: | 1 Institute of South Subtropical Corp Research, Chinese Academy of Tropical Agricultural Science,2 Key Laboratory of Tropical Fruit Biology, Ministry of Agriculture;1 Institute of South Subtropical Corp Research, Chinese Academy of Tropical Agricultural Science,2 Key Laboratory of Tropical Fruit Biology, Ministry of Agriculture;1 Institute of South Subtropical Corp Research, Chinese Academy of Tropical Agricultural Science,2 Key Laboratory of Tropical Fruit Biology, Ministry of Agriculture;1 Institute of South Subtropical Corp Research, Chinese Academy of Tropical Agricultural Science,2 Key Laboratory of Tropical Fruit Biology, Ministry of Agriculture;1 Institute of South Subtropical Corp Research, Chinese Academy of Tropical Agricultural Science,2 Key Laboratory of Tropical Fruit Biology, Ministry of Agriculture |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Cacao(Theobroma cacao L) Ubiquitin conjugating enzyme(E2s) Gene family Bioinformatics |
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