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| 甘蓝EST-SSR标记的开发与应用 | |
| 引用本文： | 陈琛,庄木,李康宁,刘玉梅,杨丽梅,张扬勇,程斐,孙培田,方智远.甘蓝EST-SSR标记的开发与应用[J].园艺学报,2010,37(2):221-228. |
| 作者姓名： | 陈琛 庄木 李康宁 刘玉梅 杨丽梅 张扬勇 程斐 孙培田 方智远 |
| 作者单位： | 1. 中国农业科学院蔬菜花卉研究所,北京,100081;青岛农业大学,山东青岛,266109 2. 中国农业科学院蔬菜花卉研究所,北京,100081 3. 内蒙古农业大学,呼和浩特,010081 4. 青岛农业大学,山东青岛,266109 |
| 基金项目： | 国家'十一五'科技支撑计划项目，中央级公益性科研院所基本科研业务费专项项目，国家自然科学基金项目，国家'863'计划项目，农业部园艺作物遗传改良重点开放实验室项目 |
| 摘 要： | 从NCBI数据库下载62567条甘蓝相关EST,处理后得到19611条无冗余的EST,对其进行SSR搜索,共得到1219条SSR,分布在1176条EST上,分布密度为1/11.48kb,包括273种重复基元。在甘蓝EST-SSR中,二核苷酸(353个SSR)和三核苷酸(423个SSR)占主导地位,所占比例分别为28.96%和34.70%;出现最多的重复基元是AG/CT,占总数的25.59%,其次为AAG/CTT(94个,占7.71%)。针对1176条含有SSR的EST设计合成了978对引物。用两份甘蓝自交系对978对引物进行初筛,897对引物有扩增产物,共扩增出1026条扩增带;128对引物表现出多态性,共有258条多态性带(占总带数的25.15%)。利用4对多态性引物,初步构建了中甘11、8398、中甘15、中甘21杂交新品种及其亲本的指纹图谱。以上结果说明从甘蓝相关EST数据库中开发的SSR引物有较好的可用性。 |
| 关 键 词： | 甘蓝 EST-SSR 标记开发 指纹图谱 |
| 收稿时间： | 2009-12-7 |
| 修稿时间： | 2010-1-25 |
Development and Utility of EST-SSR Marker in Cabbage |
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| CHEN Chen,ZHUANG Mu,LI Kang-ning,LIU Yu-mei,YANG Li-mei,ZHANG Yang-yong,CHENG Fei,SUN Pei-tian, FANG Zhi-yuan.Development and Utility of EST-SSR Marker in Cabbage[J].Acta Horticulturae Sinica,2010,37(2):221-228. | |
| Authors: | CHEN Chen ZHUANG Mu LI Kang-ning LIU Yu-mei YANG Li-mei ZHANG Yang-yong CHENG Fei SUN Pei-tian FANG Zhi-yuan |
| Institution: | CHEN Chen1,2,ZHUANG Mu1,LI Kang-ning3,LIU Yu-mei1,YANG Li-mei1,ZHANG Yang-yong1,CHENG Fei2,SUN Pei-tian1,, FANG Zhi-yuan1 (1Institute of Vegetables , Flowers,Chinese Academy of Agricultural Sciences,Beijing 100081,China,2Qingdao Agricultural University,Qingdao,Sh,ong 266109,3Inner Mongolia Agricultural University,Huhhot 010081,China) |
| Abstract: | A total of 62 567 ESTs in Brassica oleracea were downloaded from NCBI for the identifica-tion and development of SSR marker.In total,1 219 SSRs distributed in 1 176 ESTs were identified from 19 611 non-redundant ESTs,with an average of one SSR per 11.48 kb,and included 273 SSR motifs.Analysis of SSR motifs revealed that the dinucleotides (353 SSR) and tricleotides (423 SSR) were major motifs,accounted for 28.96% and 34.70% respectively.The AG/CT was the most frequent motifs and accounted for 25.59%,followed... |
| Keywords: | EST-SSR cabbage EST-SSR marker development fingerprinting |
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