利用黄秋葵转录组信息挖掘SSR标记及用于种质分析

通过对黄秋葵（Hibiscus esculentus L.）转录组信息分析，共获得74 600条unigene，全部序列有52 976 011 bp；有3 191条unigene包含SSR的序列，从中鉴定出3 448个SSR位点，其中有235条序列包含1个以上SSR，复合SSR有123个。优势重复基序为三核苷酸和二核苷酸，分别占总SSR的60.79%和21.43%。二核苷酸重复基元中以AG/CT为优势重复基元，占总位点的11.02%，三核苷酸重复基元以AGA/TCT为主，占总位点的19.61%。利用Primer 3.0共设计出8 088对SSR引物。从87对有效扩增引物中随机选择60对用于32份黄秋葵种质的多态性验证分析，其中36对（占60%）引物表现稳定可重复的多态性。利用UPGMA作图，将32份供试材料分为2类。利用黄秋葵转录组数据进行SSR标记开发，能获得较高频率的SSR位点，且类型丰富，为其遗传多样性分析和遗传图谱构建提供更丰富可靠的标记选择。