| 石榴转录组密码子使用偏向性 |
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| 引用本文： | 张太奎,起国海,叶红莲,张孟伟,肖巍,苑兆和.石榴转录组密码子使用偏向性[J].园艺学报,2017,44(4):675-690. |
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| 作者姓名： | 张太奎 起国海 叶红莲 张孟伟 肖巍 苑兆和 |
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| 作者单位： | （1南京林业大学南方现代林业协同创新中心，南京 210037；2南京林业大学林学院，南京 210037；3中国林业科学研究院资源昆虫研究所，昆明 650224；4北京林业大学林学院，北京 100083） |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(31272143)，南京林业大学高层次人才科研启动基金项目(GXL2014070)，江苏省普通高校研究生科研创新计划项目(KYLX16_0857)，南京林业大学优秀博士学位论文创新基金，江苏省高校优势学科建设工程项目 |
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| 摘 要： | 对石榴(Punica granatum)转录组数据进行从头组装,预测完整CDS序列的密码子使用偏向性;将石榴转录谱与其他8种蔷薇分支物种基因组编码序列进行同义密码子相对使用度(RSCU)比较,并对石榴WRKY和MYB家族基因进行亚家族进化分析和RSCU比较。结果表明:(1)石榴转录组主要受自然选择压影响。密码子偏向性极强的基因多为细胞相关功能基因;没有密码子使用偏向性的基因多与维持生命活动本质相关。(2)基因差异高表达影响RSCU,CpG二核苷酸富集影响密码子适应性。(3)物种间亲缘关系越近,RSCU值越相似。对蔷薇分支物种密码子进行RSCU比较,石榴与巨桉(Eucalyptus grandis)偏向性基本一致。(4)亚家族功能分化影响密码子偏向性。石榴WRKY亚家族1、4和13在翻译精氨酸、亮氨酸时分别偏向使用AGG、CUC,这与其不断进化的抗逆功能相关。石榴MYB亚家族8在翻译苏氨酸时偏向选择ACA,这与其扩张中的木质化功能相关。
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| 关 键 词： | 石榴 密码子使用偏向性 转录组 基因家族 |
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