| 苹果锈果类病毒火焰海棠分离物全基因组克隆及序列分析 |
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| 引用本文： | 张富军,张振鲁,张蕊芬,王寻,由春香,郝玉金.苹果锈果类病毒火焰海棠分离物全基因组克隆及序列分析[J].果树学报,2019(8). |
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| 作者姓名： | 张富军 张振鲁 张蕊芬 王寻 由春香 郝玉金 |
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| 作者单位： | 山东农业大学园艺科学与工程学院·作物生物学国家重点实验室;青岛市农业科学研究院 |
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| 摘 要： | 【目的】检测从山东青岛采集的有"花脸"症状的火焰海棠(Malus‘Flame’)果实是否带有苹果锈果类病毒(Apple scar skin viroid,ASSVd)。【方法】提取带有"花脸"症状的火焰海棠果皮总RNA,设计ASSVd特异性引物,利用RTPCR方法进行检测。设计基因特异性引物扩增ASSVd基因组全长,并进行克隆、测序,利用CLC RNA Workbench4预测其二级结构。用DANMAN软件比对来自中国不同地区、不同寄主的苹果锈果类病毒分离物基因序列。用MEGA-7软件分析山东火焰海棠ASSVd分离物与来自不同国家、不同寄主ASSVd分离物的遗传关系。【结果】从山东青岛采集的表现"花脸"症状的火焰海棠果皮中检测到ASSVd,推测火焰海棠果皮的"花脸"症状可能由ASSVd引起。利用基因特异性引物克隆4条ASSVd基因组全长序列,其长度为333～334 bp,在GenBank的登录号依次为MK102981-MK102984。ASSVd序列比对结果显示,来源于不同寄主的分离物存在差异。系统进化树显示ASSVd不存在明显的地区专化性,进一步对ASSVd二级结构分析发现不同寄主的ASSVd致病区(P)存在明显的差异。【结论】从山东青岛采集的带有"花脸"症状的火焰海棠果实带有ASSVd。本研究从火焰海棠检测到ASSVd,明确其为自然寄主之一,且火焰海棠果实的"花脸"症状形成可能与ASSVd侵染有关。
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| 关 键 词： | 火焰海棠 苹果锈果类病毒 序列分析 寄主特异性 |
Cloning and genome sequence analysis of apple scar skin viroid from Malus 'Flame' |
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