上海郊区牛病毒性腹泻病毒(BVDV)基因型分析

采用RT-PCR方法对2014年在上海郊区某奶牛场分离得到的牛病毒性腹泻病毒(BVDV SHYB)进行基因组5'UTR、Npro和E2基因扩增,并对PCR产物进行克隆、测序和BLAST比对分析,构建系统进化树和进行SimPlot重组分析。结果表明:2014年上海郊区奶牛场感染的BVDV 5'UTR保守序列与猪源性BVDV-1m亚型的ZM-95病毒株高度同源,属BVDV-1m基因亚型,命名为BVDV-1 SHYB;紧接着BVDV-1 SHYB病毒株5'UTR序列后面的Npro基因与BVDV-1b亚型病毒株同源性高,在5'UTR基因的3'端与Npro基因连接处有基因重组位点。