| 彩色马蹄莲转录组测序及其特性分析 |
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| 引用本文： | 周琳,张永春,蔡友铭,杨柳燕.彩色马蹄莲转录组测序及其特性分析[J].上海农业学报,2020,36(3). |
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| 作者姓名： | 周琳 张永春 蔡友铭 杨柳燕 |
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| 作者单位： | 上海市农业科学院林木果树研究所,上海市设施园艺技术重点实验室,上海201403;上海市农业科学院林木果树研究所,上海市设施园艺技术重点实验室,上海201403;上海市农业科学院林木果树研究所,上海市设施园艺技术重点实验室,上海201403;上海市农业科学院林木果树研究所,上海市设施园艺技术重点实验室,上海201403 |
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| 基金项目： | 现代农业产业技术体系建设项目;上海市农业科技成果转化资金项目 |
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| 摘 要： | 为开展彩色马蹄莲基因功能分析、表型差异研究、分子标记开发和遗传多样性研究,通过Illumina HiSeq 4000高通量测序平台对2个彩色马蹄莲育成品种‘金丝绒’和‘梦幻’进行转录组测序分析,经de novo组装后获得76 060条unigene,进一步利用4个公共数据库(Nr、Swiss-Prot、KOG和KEGG)对其进行注释,注释了30 321条unigene;并基于转录组数据开展SSR位点预测和密码子使用偏好性分析。结果表明:有10 083个unigene参与了132条KEGG代谢通路,其中代谢途径和次生代谢产物的生物合成途径是unigene最为富集的2个途径; 9 721条unigene序列中共含有13 206个SSR位点;预测到1 115个转录因子,分属于54个家族。此外,彩色马蹄莲密码子使用偏好性较弱,高频密码子为AGG、CAG和AAG。
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| 关 键 词： | 彩色马蹄莲 基因注释 功能分类 密码子使用偏好性 |
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