猪Delta冠状病毒的流行病学调查及M基因序列分析 |
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引用本文: | 马玉飞,李本强,陶洁,程靖华,刘雷,刘惠莉.猪Delta冠状病毒的流行病学调查及M基因序列分析[J].上海农业学报,2020,36(1). |
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作者姓名: | 马玉飞 李本强 陶洁 程靖华 刘雷 刘惠莉 |
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作者单位: | 上海市农业科学院畜牧兽医研究所,上海种猪工程技术研究中心,上海201106;上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心,上海201306;上海市农业科学院畜牧兽医研究所,上海种猪工程技术研究中心,上海201106 |
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基金项目: | 上海市科技兴农推广项目;上海市生猪产业体系项目 |
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摘 要: | 为了解猪Delta冠状病毒(Porcine deltacoronavirus,PDCoV)在发生腹泻疫情猪群中的感染情况,根据PDCoV M基因的保守序列设计了一对检测引物,建立了猪Delta冠状病毒的的检测方法,其最低核酸检测限量为3.92×10~3 copies/μL,特异性和灵敏度均较好。利用该方法对2015—2017年上海周边猪场的518份猪腹泻粪便样品进行检测,检测出25份PDCoV阳性样品,阳性感染率达4.8%。在所检出的阳性样本中,PDCoV与猪嵴病毒(Porcine kobuvirus,PKV)和猪星状病毒(Porcine astrovirus,PAstV)的混合感染率较高,分别为40%和48%;PDCoV与猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)混合感染率为8.0%,未检测到PDCoV与猪传染性胃肠炎病毒(Transmissible gastroenteritis virus,TEGV)混合感染的样本。随机选取10份PDCoV阳性样本,对扩增的M基因片段同源性进行分析,结果发现,10份样品中核苷酸同源性达95.0%—99.6%,与GenBank登录的PDCoV毒株的同源性为96.1%—100%,说明目前流行的PDCoV毒株的遗传差异不大,该研究可为了解PDCoV流行情况提供参考依据。
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关 键 词: | 猪Delta冠状病毒 M基因 RT-PCR 进化分析 |
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