猪细小病毒1型河南流行毒株的遗传进化分析 |
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引用本文: | 许夕雅,丁晨梦,孙亚威,韩紫薇,齐江坤,吕晨哲,石蒙蒙,郭子仪,邓梦梦,陈陆.猪细小病毒1型河南流行毒株的遗传进化分析[J].河南农业大学学报,2023(2):288-297+351. |
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作者姓名: | 许夕雅 丁晨梦 孙亚威 韩紫薇 齐江坤 吕晨哲 石蒙蒙 郭子仪 邓梦梦 陈陆 |
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作者单位: | 河南农业大学动物医学院 |
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基金项目: | 国家自然科学基金项目(31772781); |
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摘 要: | 【目的】监测河南省猪细小病毒1型(porcine parvovirus 1,PPV1)的变异情况。【方法】采集自河南省鹤壁市和安阳市初产母猪的流产胎儿阳性样品,利用PCR方法鉴定获得2株PPV1流行毒株,经过全基因组测序,分别命名为CH/HN-H/2021和CH/HN-3/2021。通过分析同源性和构建遗传进化树分析PPV1全基因组、NS1基因、VP2基因的变异情况,并且比对分析NS1蛋白和VP2蛋白的氨基酸变异情况及非编码区基因缺失情况。【结果】2条序列的核苷酸相似性为99.9%;与46株国内外PPV1流行毒株全基因组的核苷酸同源性为93.5%~99.9%;NS1基因核苷酸同源性为98.6%~99.9%,NS1蛋白氨基酸同源性为98.2%~99.9%;VP2基因核苷酸同源性为98.4%~99.9%,VP2蛋白氨基酸同源性为98.3%~99.9%,说明本研究鉴定的毒株呈现遗传进化稳定性。本研究鉴定株与湖南及吉林毒株亲缘关系最近,而与河南原有毒株亲缘关系较远。在对NS1蛋白与VP2蛋白的氨基酸变异分析中发现,NS1蛋白发生6处突变,VP2蛋白发生7处突变,均在经典突变位点范围内,符合PP...
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关 键 词: | 猪细小病毒1型 全基因组测序 遗传变异分析 NS1基因 VP2基因 |
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