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不同种类柑橘的密码子用法分析
引用本文:胡桂兵,张上隆,徐昌杰,林顺权.不同种类柑橘的密码子用法分析[J].华南农业大学学报,2006,27(1):13-16.
作者姓名:胡桂兵  张上隆  徐昌杰  林顺权
作者单位:1. 浙江大学,果树科学研究所,浙江,杭州,310029;华南农业大学,园艺生物技术研究所,广东,广州,510642
2. 浙江大学,果树科学研究所,浙江,杭州,310029
3. 华南农业大学,园艺生物技术研究所,广东,广州,510642
基金项目:中国科学院资助项目;浙江省自然科学基金;广东省科技厅科技计划
摘    要:采用高频密码子分析法,对甜橙Citrus sinensis、温州蜜柑C.unshiu、葡萄柚C.paradisi和柠檬C.limon等4种柑橘的蛋白质编码基因序列(eodon DNA sequence,CDS)进行了分析,计算出了柑橘同义密码子相对使用频率(relative frequency of synonymous codon,RFSC),确定出了4种柑橘的高频率密码子,发现不同种类柑橘偏爱密码子稍有差别.

关 键 词:柑橘  密码子用法  高频密码子  密码子偏爱性
文章编号:1001-411X(2006)01-0013-04
收稿时间:2005-04-04
修稿时间:2005-04-04

Analysis of Codon Usage Between Different Citrus Species
HU Gui-bing,ZHANG Shang-long,XU Chang-jie,LIN Shun-quan.Analysis of Codon Usage Between Different Citrus Species[J].Journal of South China Agricultural University,2006,27(1):13-16.
Authors:HU Gui-bing  ZHANG Shang-long  XU Chang-jie  LIN Shun-quan
Institution:1. Fruit Science Institute of Zhejiang University, Hangzhou 310029, China; 2. Institute of Biotechnology in Horticultural Plants, South China Agric. Univ. , Guangzhou 510642, China
Abstract:Codon DNA sequence(CDS) of four different citrus species,including sweet orange(Citrus sinensis),satsuma mandarin(C.unshiu),grapefruit(C.paradisi) and lemon(C.limon) were used to analyze the relative frequency of synonymous codon(RFSC),and high-frequency codons were selected by high-frequency codon analysis.The results indicated that the codon preference was little different in four citrus species.
Keywords:citrus  codon usage  high-frequency codon  codon preference
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