| 基于NBS-LRR类R基因保守结构域克隆瓠瓜抗病基因同源序列 |
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| 引用本文： | 赵芹,谢大森,何晓明,罗少波,彭庆务.基于NBS-LRR类R基因保守结构域克隆瓠瓜抗病基因同源序列[J].华南农业大学学报,2015,36(5):92-98. |
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| 作者姓名： | 赵芹 谢大森 何晓明 罗少波 彭庆务 |
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| 作者单位： | 广东省农业科学院 蔬菜研究所,广东省农业科学院 蔬菜研究所,广东省农业科学院 蔬菜研究所,广东省农业科学院 蔬菜研究所,广东省农业科学院 蔬菜研究所 |
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| 基金项目： | 国家自然科学青年基金（31311643）；广州市珠江科技新星项目（2013086） |
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| 摘 要： | 【目的】分离鉴定瓠瓜Lagenaria siceraria抗病种质的抗病基因同源序列(Resistance gene analogs,RGAs),为瓠瓜功能性抗病基因的克隆及分子标记辅助育种奠定基础.【方法】根据已知核苷酸结合位点和富亮氨酸重复(Nucleotide binding site and leucine rich repeat,NBS-LRR)类抗病基因保守区设计简并引物,从"大籽瓠"抗性材料基因组DNA中分离抗病基因同源序列,并利用生物信息学软件进行长度变异、保守结构域、同源比对与系统进化分析.【结果和结论】基于同源克隆策略,获得23条瓠瓜NBS抗病同源序列,命名为HNB1~HNB23,Gen Bank登录号为KJ908192~KJ908214.序列分析及同源比对结果表明,这些RGAs长度变异在242~261 nt之间,18条序列具有连续开放阅读框(Open reading frame,ORF),推导氨基酸序列具有P-loop、Kinase-2a典型NBS类R基因保守结构域;核苷酸序列相似性为41.5%~98.8%,氨基酸序列相似性为21.5%~100.0%;利用NCBI Blast同源搜索发现,与其他植物尤其是冬瓜、黄瓜、葫芦及丝瓜的已知R基因具有40%~100%相似性;氨基酸序列聚类分析将其分为5个组;同源进化分析表明,23条瓠瓜RGAs均为non-TIR-NBS-LRR类R基因,与推导氨基酸序列多重比较结果一致.
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| 关 键 词： | 瓠瓜 NBS-LRR类 抗病基因同源序列 简并引物 序列分析 |
| 收稿时间： | 2014/4/25 0:00:00 |
Cloning of resistance gene analogs from Lagenaria siceraria based on conserved domains of NBS-LRR type R gene |
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| ZHAO Qin,XIE Dasen,HE Xiaoming,LUO Shaobo and PENG Qingwu.Cloning of resistance gene analogs from Lagenaria siceraria based on conserved domains of NBS-LRR type R gene[J].Journal of South China Agricultural University,2015,36(5):92-98. |
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| Authors: | ZHAO Qin XIE Dasen HE Xiaoming LUO Shaobo and PENG Qingwu |
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| Institution: | Vegetable Research Institute, Guangdong Academy of Agricultural Sciences,,Vegetable Research Institute, Guangdong Academy of Agricultural Sciences,,Vegetable Research Institute, Guangdong Academy of Agricultural Sciences,,Vegetable Research Institute, Guangdong Academy of Agricultural Sciences, and Vegetable Research Institute, Guangdong Academy of Agricultural Sciences, |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Lagenaria siceraria NBS-LRR type resistance gene analogs degenerate primer sequence analysis |
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