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| 粳稻MYB蛋白家族的生物信息学分析 | |
| 引用本文： | 吴家胜,赵彦宏,汪旭升.粳稻MYB蛋白家族的生物信息学分析[J].华南农业大学学报,2009,30(4). |
| 作者姓名： | 吴家胜 赵彦宏 汪旭升 |
| 作者单位： | 1. 浙江林学院,林业与生物技术学院,浙江,临安,311300 2. 鲁东大学,生命科学学院,山东,烟台,264025 3. 浙江大学,生物信息研究所,浙江,杭州,310029 |
| 摘 要： | 运用隐马尔柯夫模型(Hidden Markov model,HMM),对粳稻Oryza sativa L. ssp. japonica的蛋白质数据库进行搜索,共找到192个MYB蛋白同源序列,其中有126个R2R3-MYB蛋白,6个R1R2R3-MYB蛋白以及60个MYB相关蛋白(MYB-related protein).进一步分析所有粳稻的MYB蛋白基因在染色体上的分布,结果发现,MYB基因基本上是成簇分布的,在染色体1～8号特别明显.运用基于EM(Expectation maximization)算法的MEME程序,对MYB蛋白的功能域进行多序列比对分析,确定了R1、R2与R3结构域在每个位置上最大可能氨基酸的频率.此外,还对水稻中的MYB蛋白家族作了初步的进化分析. |
| 关 键 词： | 粳稻 MYB蛋白 基因家族 功能域 进化分析 |
Bioinformatic Analysis of MYB Protein Family in Oryza sativa L.ssp.japonica |
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| WU Jia-sheng,ZHAO Yan-hong,WANG Xu-sheng.Bioinformatic Analysis of MYB Protein Family in Oryza sativa L.ssp.japonica[J].Journal of South China Agricultural University,2009,30(4). | |
| Authors: | WU Jia-sheng ZHAO Yan-hong WANG Xu-sheng |
| Abstract: | |
| Keywords: | |
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