牛科物种FSHβ基因密码子偏好性分析 |
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引用本文: | 周芳廷,保志鹏,赵学成,李卫真,杜平,康定富,董书承,余选富,苗永旺.牛科物种FSHβ基因密码子偏好性分析[J].云南农业大学学报,2018(1). |
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作者姓名: | 周芳廷 保志鹏 赵学成 李卫真 杜平 康定富 董书承 余选富 苗永旺 |
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作者单位: | 云南农业大学动物科学技术学院;云南农业职业技术学院畜牧兽医学院;云南省大理州家畜繁育指导站;腾冲市巴福乐槟榔江水牛良种繁育有限公司 |
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摘 要: | 【目的】为了确定牛科物种FSHβ基因密码子使用上的偏好性及差异。【方法】采用PCR产物直接测序法对36头槟榔江水牛、32头滇东南水牛、26头大额牛和29头中甸牦牛的FSHβ基因编码区序列进行了群体变异检测,并结合已发表的普通牛、野牛、山羊和绵羊的同源序列,对牛科物种FSHβ基因同义密码子使用的偏好性及其差异进行了深入分析。【结果】各牛科物种共同偏好使用UUC、CUG、AUC、GUG、UCC、AGC、CCC、CCA、ACC、ACG、GCA、UAC、CAG、ACC、GAC、GAG、UGC、AGA、AGG、GGC等20种密码子。除CCA、GCA和AGA之外,其余密码子均以G/C结尾。编码His的两个同义密码子CAU、CAC在沼泽型水牛中无偏好性,在河流型水牛中则偏好使用CAU。编码Lys的两个密码子AAA、AAG在河流型和沼泽型水牛中无偏好性,在野牛和山羊中偏好使用AAG,而牦牛、普通牛、大额牛和绵羊则偏好使用AAA。基于密码子的RSCU值构建的聚类树显示:河流型与沼泽型水牛聚为一类,牦牛、普通牛、大额牛和绵羊聚为一类,野牛与山羊聚为一类。【结论】各牛科物种FSHβ基因在密码子使用上均存在一定的偏好性,但差异较小,且都偏好性使用以G/C结尾的密码子,其中河流型与沼泽型水牛的偏好性最相似。
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