基于RNA-seq技术的甘蓝型油菜新转录本的鉴定 |
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引用本文: | 徐文,安素妨,王艳,贾琳琳,鲁丹丹,张莹莹,刘建丰,李保全.基于RNA-seq技术的甘蓝型油菜新转录本的鉴定[J].河南农业科学,2018(4). |
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作者姓名: | 徐文 安素妨 王艳 贾琳琳 鲁丹丹 张莹莹 刘建丰 李保全 |
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作者单位: | 河南省农业科学院作物设计中心;河南省农业科学院农业经济与信息研究所 |
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摘 要: | 为了鉴定甘蓝型油菜基因组中新的未知转录本,以甘蓝型油菜叶片为材料提取总RNA,构建c DNA文库并使用Illumina双端测序Hiseq 2500平台进行测序。用生物信息学的方法分析高质量的测序reads来鉴定新的未知转录本。结果表明,在甘蓝型油菜基因组已知基因的间隔区共鉴定到7 720个候选新转录本,通过RT-PCR和克隆测序验证了15个新鉴定的转录本。
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