| 茶树CsNRT1.1基因密码子使用特性分析 |
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| 作者姓名： | 胡振民 万青 李欢 李荣林 王枫 杨亦扬 |
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| 作者单位： | 江苏省农业科学院休闲农业研究所,江苏省高效园艺作物遗传改良重点实验室,江苏 南京 210014;南京农业大学园艺学院,作物遗传与种质创新国家重点实验室,江苏 南京 210095 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金;国家自然科学基金;国家自然科学基金;江苏省自然科学基金;江苏省农业科技自主创新项目 |
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| 摘 要： | 运用CUSP、Condow等程序对茶树CsNRT1.1基因、茶树基因组及不同物种NRT1.1基因进行密码子使用特性分析,并比较了CsNRT1.1基因与不同模式物种密码子使用偏好性差异。结果显示,茶树CsNRT1.1基因编码区偏好使用A/U,密码子结尾偏好使用G/C,RSCU值1的偏好性密码子有26个,其中偏好性较强的只有AGG(RSCU2),并偏好以G/C结尾;CsNRT1.1基因和茶树基因组中密码子偏好性存在差异,共计25个密码子使用偏好性存在明显差异,5个氨基酸密码子偏好性完全一致;CsNRT1.1等少数NRT1.1基因的ENc值较高,CAI、CBI值较低,说明其密码子使用偏好性较低,同时基因表达水平可能较低;CsNRT1.1基因与双子叶植物拟南芥、烟草及酵母菌密码子偏好性差异较小;对NRT1.1基因基于编码基因序列(CDS)组成和基于密码子偏性的聚类分析结果存在一定差异,但在一定程度上都能反映物种间的亲缘关系。
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| 关 键 词： | 茶树 密码子 偏好性 硝态氮 CsNRT1.1基因 |
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