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草鱼柠檬酸合酶基因SNP筛选及与生长性状的关联分析
引用本文:樊佳佳,刘小献,白俊杰,于凌云.草鱼柠檬酸合酶基因SNP筛选及与生长性状的关联分析[J].华中农业大学学报,2014,33(3):84-89.
作者姓名:樊佳佳  刘小献  白俊杰  于凌云
作者单位:中国水产科学研究院珠江水产研究所/农业部热带亚热带水产资源利用与养殖重点实验室,广州 510380;中国水产科学研究院珠江水产研究所/农业部热带亚热带水产资源利用与养殖重点实验室,广州 510380;中国水产科学研究院珠江水产研究所/农业部热带亚热带水产资源利用与养殖重点实验室,广州 510380;中国水产科学研究院珠江水产研究所/农业部热带亚热带水产资源利用与养殖重点实验室,广州 510380
基金项目:现代农业产业技术体系建设专项(CARS-46-03)、国家科技支撑计划项目(2012BAD26B02)和国家高技术研究发展计划(2011AA100403)(“863”)项目
摘    要:根据草鱼(Ctenopharyngodon idella)EST-SNP库中预测的柠檬酸合酶基因的1个Contig序列,设计引物扩增该基因的部分序列,然后采用PCR产物直接测序法筛选SNP突变点。测序的序列经比对后,共筛选到2个在内含子10上的SNP突变点:A-386G和C-499G。随机选择同批繁殖和同塘混养的144尾草鱼对2个SNP位点用Snapshot方法进行检测和分型,并统计基因型频率。A-386G位点的AA基因型占47.10%,AG基因型占38.41%、GG基因型占14.49%;C-499G位点的CC基因型占31.85%,CG基因型占46.67%,GG基因型占21.48%,均属于中度多态位点。利用一般线性模型(GLM)分析2个SNP位点与草鱼6个生长性状(体质量、体长、体高、头长、尾柄长和尾柄高)的相关性,结果显示,A-386G和C-499G位点的不同基因型在这6个生长性状均值有差异,但均不存在显著差异。将这2个SNP不同基因型两两组合,一共组成7种双倍型(去掉频率小于3%的组合D2和D5),GLM相关分析表明5种双倍型在5个生长性状(体质量、体长、体高、尾柄长和尾柄高)上均存在差异,其中在头长上存在显著差异,D6双倍型(A-386G/AG和C-499G/GG)在6个生长性状上均值均最大,属于生长优势双倍型。本研究显示,筛选到的柠檬酸合酶基因上的2个SNP位点具有用于草鱼生长性状的分子辅助育种的潜力。

关 键 词:草鱼  柠檬酸合酶基因  单核苷酸多态性  生长性状
收稿时间:2013/6/24 0:00:00

Detection of SNP incitrate synthase gene and association analysis with growth traits in grass carp (Ctenopharyngodon idellus)
Abstract:
Keywords:grass carp  citrate synthase gene  single nucleotide polymorphism (SNP)  growth traits
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