非洲猪瘟病毒B646L基因序列分析及p72蛋白质结构与细胞抗原表位预测 |
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引用本文: | 罗世民,李中波.非洲猪瘟病毒B646L基因序列分析及p72蛋白质结构与细胞抗原表位预测[J].江苏农业科学,2023(16):141-146. |
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作者姓名: | 罗世民 李中波 |
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作者单位: | 怀化职业技术学院 |
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摘 要: | 为探究非洲猪瘟病毒B646L基因序列的碱基组成特点,及预测该基因所编码的p72蛋白质结构与细胞抗原表位,利用PCR技术对非洲猪瘟病毒B646L基因ORF框的序列进行扩增、测序及碱基组成分析;运用软件EXPASY、PRABI与SWISS-MODEL对p72蛋白质进行理化性质分析及二、三级结构预测;运用在线软件ABCpred Prediction、Scratch、IEDB和NetCTL对p72蛋白在B、T细胞的抗原表位进行预测。结果表明,非洲猪瘟病毒B646L基因ORF框序列全长为1 941 bp,其中,碱基A含量为26.9%,T含量为28.9%,G含量为24.2%及C含量为20.0%,A+T的含量为55.8%,G+C的含量为44.2%,AT含量显著高于GC含量;该序列共编码646个氨基酸,p72蛋白大小为76 ku;在整个p72蛋白分子的二、三级结构中,α-螺旋占19.35%,β-转角占5.42%,无规卷曲占50.15%,扩展链为25.08%,以无规卷曲为主要结构;该蛋白存在细胞质的概率最大,其次是细胞核,存在于线粒体、高尔基体和内质网的概率较低;p72蛋白B淋巴细胞优势抗原表位分别为1...
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关 键 词: | 非洲猪瘟病毒 B646L基因 p72蛋白 序列分析 结构预测 抗原表位预测 |
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