| 基于 RAD-seq 的菜心 InDel 标记开发及应用 |
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| 引用本文： | 许玉富,黄依琳,李荣华,黄红弟,郭少龙,李光光,郭培国,夏岩石.基于 RAD-seq 的菜心 InDel 标记开发及应用[J].广东农业科学,2024,51(3):91-102. |
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| 作者姓名： | 许玉富 黄依琳 李荣华 黄红弟 郭少龙 李光光 郭培国 夏岩石 |
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| 作者单位： | 1. 广州大学生命科学学院/广东省植物适应性与分子设计重点实验室;2. 广东省良种引进服务公司;3. 广州市农业科学研究院 |
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| 基金项目： | 广东省自然科学基金（2019A1515011587）；;广州市科技计划项目（202102010414）； |
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| 摘 要： | 【目的】开发多态性丰富的的InDel分子标记，为菜心育种提供研究基础。【方法】以Chiifu-401-42的基因组序列为模板，利用4份菜心材料的RAD-seq重测序数据，在全基因组范围内鉴定InDel位点。利用生物信息学方法筛选4份菜心材料间具有潜在多态性的InDel位点，挑选分布于10条染色体的80个InDel位点设计引物，对55份菜心种质材料进行遗传多样评价。【结果】通过与参考基因组序列比对，在4份菜心材料的重测序数据中共鉴定出84 510个InDel位点，其中插入/缺失长度大于5 bp的3 609个InDel位点在4份菜心材料间具有潜在多态性。挑选80个InDel位点进行PCR扩增验证，58个（72.5%）在4份测序样品中具有多态性，在55份菜心种质材料中检测到133个等位位点，多态性信息含量（PIC）为0.263～0.618，平均值为0.443。基于InDel标记的检测结果可知，55份菜心种质的遗传相似系数在0.366～0.756，平均值为0.570；在遗传相似系数为0.564时55份菜心种质被分为4个类群，但各类群间的耐热性没有明显差异。【结论】本研究开发的InDel标记具有...
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| 关 键 词： | 菜心 RAD-seq InDel标记 多态性 遗传多样性分析 聚类分析 |
Development and Application of InDel Markers in Flowering Chinese Cabbage Based on RAD-seq |
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| XU Yufu,HUANG Yilin,LI Ronghu,HUANG Hongdi,GUO Shaolong,LI Guangguang,GUO Peiguo,XIA Yanshi.Development and Application of InDel Markers in Flowering Chinese Cabbage Based on RAD-seq[J].Guangdong Agricultural Sciences,2024,51(3):91-102. |
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| Authors: | XU Yufu HUANG Yilin LI Ronghu HUANG Hongdi GUO Shaolong LI Guangguang GUO Peiguo XIA Yanshi |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | flowering Chinese cabbage RAD-seq InDel marker polymorphism genetic diversity analysis cluster analysis |
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