| 核盘菌基因组微卫星序列分析 |
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| 引用本文： | 张 悦,李 丹,陈子牛,王丽燕.核盘菌基因组微卫星序列分析[J].广东农业科学,2015,42(1):128-132. |
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| 作者姓名： | 张 悦 李 丹 陈子牛 王丽燕 |
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| 作者单位： | 1. 昆明学院生命科学与技术系,云南昆明,650214
2. 云南交通技师学院,云南安宁,650300 |
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| 基金项目： | 云南省科技厅应用基础研究计划青年项目 |
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| 摘 要： | 利用已经公布的核盘菌基因组测序结果,对已有的核盘菌基因组中SSR的类型、大小及分布等数据进行统计分析.在核盘菌基因组内发现1 693个SSR序列,其中出现频率最高的为6碱基和4碱基的SSR序列,分别达到577次和449次,1碱基、3碱基和5碱基的SSR则分别出现97、180、57次.其中有340个SSR序列出现在308个基因内.大多数基因(284个基因)都只含有1个SSR,占含SSR基因总数的92.21％; 17个基因中含有2个SSR,6个基因中含有3个SSR,含4个SSR的基因只有1个.在基因序列内,出现最多的是3碱基与6碱基的SSR,这表明较之基因间区,在选择压力下基因内SSR多趋向于密码子的整数倍,这与其他物种的分析结果一致.为了解含有较多SSR序列与核盘菌基因功能的关系,将含2个以上SSR的基因预测蛋白序列根据NCBI网站CDD软件进行比对发现,24个基因只有6个具有保守的蛋白结构域,且这些结构域多与转录、DNA修复有关.
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| 关 键 词： | 微卫星序列 核盘菌 基因组 分子标记 |
| 收稿时间： | 2014/7/2 0:00:00 |
SSRs analysis of genome in Sclerotinia sclerotiorum |
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| ZHANG Yue,LI Dan,CHEN Zi-niu,WANG Li-yan.SSRs analysis of genome in Sclerotinia sclerotiorum[J].Guangdong Agricultural Sciences,2015,42(1):128-132. |
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| Authors: | ZHANG Yue LI Dan CHEN Zi-niu WANG Li-yan |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | SSR Sclerotinia sclerotiorum genome molecular marker |
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