基于RNA–Seq五指山猪背最长肌基因表达差异分析 |
| |
引用本文: | 孙瑞萍,魏立民,王峰,晁哲,刘海隆,郑心力,刘圈炜,黄丽丽,邢漫萍.基于RNA–Seq五指山猪背最长肌基因表达差异分析[J].湖南农业大学学报(自然科学版),2018,44(2). |
| |
作者姓名: | 孙瑞萍 魏立民 王峰 晁哲 刘海隆 郑心力 刘圈炜 黄丽丽 邢漫萍 |
| |
作者单位: | 海南农业科学院畜牧兽医研究所;海南省热带动物繁育与疫病控制重点实验室 |
| |
基金项目: | 海南省省属科研院所技术开发研究专项(KYYS–2015–02,琼科[2016]31号);国家自然科学基金项目(31560628,31760646);海南省农业科学院农业科技创新专项(CXZX201607) |
| |
摘 要: | 为完善五指山猪基因结构和发掘新基因,采用转录组测序(RNA–Seq)技术对6、8月龄五指山猪背最长肌组织转录组进行分析。经过质量控制,分别得到65 683 578条(6月龄)和65 464 156条(8月龄)有效序列;与猪基因组比对后发现,转录本序列分别为20 102、25 719个;通过与各数据库进行序列对比,功能基因分别有18 206、18 374个;朋6、8月龄五指山猪样品中预测的新转录本分别有687、737个,长度为180~14 884 bp,新转录本最少的仅含有1个外显子,而最长的包含40个外显子;新预测的可变剪接分别有28 670、32 940个,内含子保留(intron retention,IR)模型在6月龄五指山猪中的数量最多,而在8月龄猪中却以外显子跳跃(skipped exon,SE)剪切模型为主;对6 932个(6月龄)和7 110个(8月龄)基因结构进行优化,分别有2 785、2 950个基因3'端发生了延伸,4 147、4 160个基因5'端发生了延伸;分别筛选出103 250个(6月龄)和110 545个(8月龄)SNP位点,均以转换型SNP位点数量居多。
|
关 键 词: | 五指山猪 基因表达 基因结构 可变剪接 新转录本 |
本文献已被 CNKI 等数据库收录! |
| 点击此处可从《湖南农业大学学报(自然科学版)》浏览原始摘要信息 |
| 点击此处可从《湖南农业大学学报(自然科学版)》下载免费的PDF全文 |
|